گروه بیوانفورماتیک، مرکز تحقیقات بیوشیمی و بیوفیزیک، دانشگاه تهران ، hesam.montazeri@ut.ac.ir
چکیده: (1564 مشاهده)
به این دلیل که بیوپسی مایع نسبت به بیوپسی بافتی ایمن‌تر و کم‌تهاجمی‌تر است، در سال‌های گذشته بررسی زیست‌نشانگر‌های موجود در آن برای پیش‌آگهی و تشخیص زود‌هنگام سرطان حائز اهمیت شده‌است. بررسی تغییر پروفایل بیانی پلاکتهای آموزش‌دیدۀ توموری موجود در بیوپسی مایع می‌تواند به عنوان یکی از زیست‌نشانگرها مورد استفاده قرار‌گیرد. استفاده از مدل‌های یادگیری ماشین دسته‌بندی با توجه به فضای ویژگی بر‌گرفته از داده‌های بیانی این پلاکت‌ها، توانایی پیش‌آگهی و تشخیص زود‌هنگام سرطان را به ما داده است. در این پژوهش میزان صحت و خطای هفت مدل دسته‌بندی در دو حالت دو‌دسته برای تشخیص نمونه‌های سالم و سرطانی و چند‌دسته برای تشخیص نمونه‌های سالم و انواع سرطان‌ها از یکدیگر مورد ارزیابی قرار‌گرفتند. این مدل‌ها روی پروفایل بیانی 2000 ژن پلاکتهای آموزش دیده توموری مربوط به بیمارانی با سرطان‌های سینه، کبد، روده، مغز، پانکراس و ریه و همینطور پروفایل بیانی این ژن‌ها در 55 فرد سالم بررسی شدند. داده های مورد استفاده سری GSE68086 هستند که از پایگاه داده GEO دانلود شدند. همچنین روی این ژن‌ها با روش preranked GSEA تجزیه‌و‌تحلیل غنی‌سازی مسیر صورت گرفت. نتایج نشان داد مدل ماشین بردارهای پشتیبان با کرنل خطی و غیر خطی از بین مدل‌های دو‌دسته با میانگین خطای ۰۵/۰ و مدل ماشین بردارهای پشتیبان خطی از بین مدل‌های چند‌دسته با میانگین خطای ۳۳/۰ نرخ خطای کمتری دارند. به طور‌کلی نتایج حاصل دسته‌بندی پروفایل بیانی پلاکتهای آموزش دیده توموری و تجزیه‌و‌تحلیل غنی‌سازی مسیرنشان‌دهندۀ این است که پروفایل بیانی پلاکتهای آموزش دیده توموری را می‌توان به عنوان کاندید نشانگر زیستی در‌‌نظر‌گرفت.
Bahonar S, Palizban F, Montazeri H. Expression profile of tumor educated platelets as biomarkers for diagnosis and early detection of cancer. Genetic Engineering and Biosafety Journal 2022; 11 (1) : 5 URL: http://gebsj.ir/article-1-412-fa.html
باهنر ساجده، پالیزبان فهیمه، منتظری حسام. بررسی پروفایل بیانی پلاکتهای آموزش‌دیدۀ توموری به عنوان نشانگر زیستی برای پیش‌آگهی و تشخیص سرطان. مهندسی ژنتیک و ایمنی زیستی. 1401; 11 (1) :54-63
