:: دوره 12، شماره 2 - ( 9-1402 ) ::
جلد 12 شماره 2 صفحات 250-241 برگشت به فهرست نسخه ها
ردیابی و تحلیل تبارزائی ویروس کوتولگی گوجه (Prune dwarf virus) از درختان گیلاس استان خراسان رضوی
سارا قارونی کاردانی* ، ابراهیم گنجی مقدم ، شادی عطار ، منصور صلاتی
بخش تحقیقات گیاه‌پزشکی، مرکز تحقیقات و آموزش کشاورزی و منابع طبیعی خراسان رضوی، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، مشهد، ایران ، saragharooni@yahoo.com
چکیده:   (1912 مشاهده)
ویروس کوتولگی گوجه (Prune dwarf virus, PDV) به‌عنوان یک عامل بیماری‌زا مهم در درختان گیلاس (Prunus avium L.)، شناخته شده است و خسارت جدی به درختان هسته‌دار می‌رساند. در بهار سال 1401 نمونه‌برداری از مجموعه درختان باغ گیلاس ایستگاه تحقیقات گلمکان مرکز تحقیقات و آموزش کشاورزی و منابع طبیعی خراسان رضوی، انجام شد. نمونه‌های جمع‌آوری‌شده دارای علائم کوتولگی، میوه‌های لکه‌دار، کاهش رشد جوانه‌ها بودند و فاصله‌ی میانگره‌های شاخه نسبت به گیاهان سالم کمتر بود. برای ردیابی ویروس از آزمون رونویسی معکوس با پرایمرهای اختصاصی مبتنی بر ژن پروتئین حرکتی ویروس استفاده شد. قطعات 756 نوکلئوتیدی حاصل از الکتروفورز تکثیر شده پس از خالص‌سازی، ایزوله گلمکان توالی‌یابی شد. ترادف‌ به‌دست‌آمده با استفاده از بلاست در پایگاه NCBI با ترادف‌های موجود در بانک ژن مقایسه شد و بیشترین شباهت با جدایه بلغارستان (%7/99MT152176, ) و کمترین شباهت با جدایه هلند (%8/88HM021231, ) مشاهده شد. درخت تبارزائی بر پایه پروتئین حرکتی ترسیم شد و جدایه‌های PDV در دو گروه مجزا قرار گرفتند و جدایه‌ گلمکان در گروه I درخت فیلوژنتیک قرار گرفت. مقایسه توالی پروتئین حرکتی جدایه‌های ویروس نشان داد توالی‌های اسیدآمینه پروتئین حرکتی و دامنه اتصال به RNA پروتئین حرکتی در میان ویروس کوتولگی گوجه بسیار حفاظت ‌شده است. در این پژوهش برای اولین بار توالی ویروس کوتولگی گوجه از ایران از باغ گیلاس در ژن‌بانک با رس‌شماره OR541106 ثبت شد و تحلیل تبارزائی ویروس کوتولگی گوجه با تمرکز بر ژن پروتئین حرکتی بررسی شد.
واژه‌های کلیدی: پروتئین حرکتی، تحلیل تبارزائی، درختان هسته‌دار، درخت فیلوژنتیک
متن کامل [PDF 1133 kb]   (696 دریافت)    
نوع مطالعه: پژوهشي | موضوع مقاله: مهندسی ژنتیک میکروارگانیسم ها و ویروسها
دریافت: 1402/6/22 | پذیرش: 1402/12/24 | انتشار: 1402/12/28
فهرست منابع
1. Bachman, E. J., Scott, S. W., Xin, G. E., & Vance, V. B. (1994). The complete nucleotide sequence of prune dwarf ilarvirus RNA 3: implications for coat protein activation of genome replication in ilarviruses. Virology, 201(1), 127-131. doi: 10.1006/viro.1994.1272 [DOI:10.1006/viro.1994.1272]
2. Bonilla, F. R., & Cieniewicz, E. (2022). Distribution and diversity of Prunus necrotic ringspot virus, prune dwarf virus, and peach latent mosaic viroid in wild Prunus spp. in South Carolina and Georgia. doi: 10.1094/PHYTOFR-02-22-0013-R [DOI:10.1094/PHYTOFR-02-22-0013-R]
3. Bujarski, J., Gallitelli, D., García-Arenal, F., Pallás, V., Palukaitis, P., Reddy, M. K., & ICTV Report Consortium. (2019). ICTV virus taxonomy profile: Bromoviridae. Journal of General Virology, 100(8), 1206-1207. doi: 10.1099/jgv.0.001282 [DOI:10.1099/jgv.0.001282]
4. Chirkov, S., Sheveleva, A., Tsygankova, S., Slobodova, N., Sharko, F., Petrova, K., & Mitrofanova, I. (2023). Whole Genome Characterization of Prunus Necrotic Ringspot Virus and Prune Dwarf Virus Infecting Stone Fruits in Russia. Horticulturae, 9(8), 941. doi:10.3390/horticulturae9080941 [DOI:10.3390/horticulturae9080941]
5. Codoñer, F. M., Cuevas, J. M., Sánchez-Navarro, J. A., Pallás, V., & Elena, S. F. (2005). Molecular evolution of the plant virus family Bromoviridae based on RNA3-encoded proteins. Journal of molecular evolution, 61, 697-705. doi:10.1007/s00239-005-0021-7 [DOI:10.1007/s00239-005-0021-7]
6. Crooks, G. E., Hon, G., Chandonia, J. M., & Brenner, S. E. (2004). WebLogo: a sequence logo generator. Genome research, 14(6), 1188-1190. doi:10.1101/gr.849004 [DOI:10.1101/gr.849004]
7. Fallah, T., Nasrollahnezhad, S., Shahsavand, M., Ebadi, E. (2008). Detection of prune necrotic ring spot virus with serological method, DAS-ELISA and RT-PCR technique in Golestan province. 18th Iranian plant protection congress. Iran, Hamadan. 517. (In Persian)
8. Fiore, N., Fajardo, T. V., Prodan, S., Herranz, M. C., Aparicio, F., Montealegre, J., ... & Sánchez-Navarro, J. (2008). Genetic diversity of the movement and coat protein genes of South American isolates of Prunus necrotic ringspot virus. Archives of Virology, 153, 909-919. doi:10.1007/s00705-008-0066-1 [DOI:10.1007/s00705-008-0066-1]
9. Fonseca, F., Neto, J. D., Martins, V., & Nolasco, G. (2005). Genomic variability of Prune dwarf virus as affected by agricultural practice. Archives of virology, 150, 1607-1619. doi:10.1007/s00705-005-0507-z [DOI:10.1007/s00705-005-0507-z]
10. Gholampour, Z., & Zakiaghl, M. (2016). Comparison of RNA Extraction Methods for the Identification of Grapevine fan leaf virus. Journal of Iranian Plant Protection Research, 30(1), 127-133. doi:10.22067/jpp.v30i1.40075
11. Gündoğan, P., Gazel, M., & Çağlayan, K. (2022). Detection and the Prevalence of Prune Dwarf Virus (PDV) in Important Cherry Plantations of the Eastern Mediterranean Region by DAS-ELISA and RT-PCR Analyzes. Uluslararası tarım araştırmalarında yenilikçi yaklaşımlar dergisi (Online), 6(2), 90-102. doi:10.29329/ijiaar.2022.451.3 [DOI:10.29329/ijiaar.2022.451.3]
12. Hasanpour, M. H., Ayazpour, K. (2018).Presence and Distribution of Prune dwarf virus in Stone Fruit Orchards in Fars Province, Iran Research in Plant Pathology, 5 (2), 69-76. (In Persian)
13. Herranz, M. C., & Pallas, V. (2004). RNA-binding properties and mapping of the RNA-binding domain from the movement protein of Prunus necrotic ringspot virus. Journal of general virology, 85(3), 761-768. doi:10.1099/vir.0.19534-0 [DOI:10.1099/vir.0.19534-0]
14. Kamenova, I. L., & Borisova, A. Z. (2022). Biological and molecular properties of Prune dwarf virus cherry isolates from Bulgaria. Journal of Plant Diseases and Protection, 129(2), 301-311. doi:10.1007/s41348-021-00551-x [DOI:10.1007/s41348-021-00551-x]
15. Katoh, K., Rozewicki, J., & Yamada, K. D. (2019). MAFFT online service: multiple sequence alignment, interactive sequence choice and visualization. Briefings in bioinformatics, 20(4), 1160-1166. doi:10.1093/bib/bbx108 [DOI:10.1093/bib/bbx108]
16. Kozieł, E., Bujarski, J. J., & Otulak, K. (2017). Molecular biology of Prune Dwarf Virus- A lesser known member of the Bromoviridae but a vital component in the dynamic virus-host cell interaction network. International journal of molecular sciences, 18(12), 2733. doi:10.3390/ijms18122733 [DOI:10.3390/ijms18122733]
17. Koziel, E., Otulak, K., & Garbaczewska, G. (2015). Phylogenetic analysis of PDV movement protein compared to Bromoviridae members as justification of possible intercellular movement. Acta Biologica Cracoviensia. Series Botanica, 57(2). doi:10.1515/abcsb-2015-0019 [DOI:10.1515/abcsb-2015-0019]
18. Kumar, S., Stecher, G., & Tamura, K. (2016). MEGA7: molecular evolutionary genetics analysis version 7.0 for bigger datasets. Molecular biology and evolution, 33(7), 1870-1874. doi:10.1093/molbev/msw054 [DOI:10.1093/molbev/msw054]
19. Massart, S., Brostaux, Y., Barbarossa, L., César, V., Cieslinska, M., Dutrecq, O., & Jijakli, M. H. (2008). Inter-laboratory evaluation of a duplex RT-PCR method using crude extracts for the simultaneous detection of Prune dwarf virus and Prunus necrotic ringspot virus. European Journal of Plant Pathology, 122, 539-547. doi:10.1007/s10658-008-9322-1 [DOI:10.1007/s10658-008-9322-1]
20. Mekuria, G., Ramesh, S. A., Alberts, E., Bertozzi, T., Wirthensohn, M., Collins, G., & Sedgley, M. (2003). Comparison of ELISA and RT-PCR for the detection of PNRSV and PDV in Australian almond trees. Options Mediterraneennes, 193-6. doi:10.1016/j.jviromet.2003.08.014 [DOI:10.1016/j.jviromet.2003.08.014]
21. Melcher, U. (2000). The '30K'superfamily of viral movement proteins. Journal of General Virology, 81(1), 257-266. doi:10.1099/0022-1317-81-1-257 [DOI:10.1099/0022-1317-81-1-257]
22. Mink, G. I. (1993). Pollen and seed-transmitted viruses and viroids. Annual review of phytopathology, 31(1), 375-402. doi:10.1146/annurev.py.31.090193.002111 [DOI:10.1146/annurev.py.31.090193.002111]
23. Muhire, B. M., Varsani, A., & Martin, D. P. (2014). SDT: a virus classification tool based on pairwise sequence alignment and identity calculation. PloS one, 9(9), e108277. doi:10.1371/journal.pone.0108277 [DOI:10.1371/journal.pone.0108277]
24. Nemeth, M. (1986). Virus, mycoplasma and rickettsia diseases of fruit trees. Akademiai Kiado.
25. Németh, M., Nyerges, K., Hangyál, R., & Kósa, G. (2010). Surveying viruses on ornamental trees and shrubs in two Hungarian botanical gardens and an arboretum. Julius-Kühn-Archiv, (427), 293.
26. Paduch-Cichał, E., Sala-Rejczak, K., Mroczkowska, K., Boscia, D., & Potere, O. (2011). Serological characterization of Prune dwarf virus isolates. Journal of Plant Protection Research, 51(4), 389-392. doi:10.2478/v10045-011-0063-3 [DOI:10.2478/v10045-011-0063-3]
27. Predajňa, L., Sihelská, N., Benediková, D., Šoltys, K., Candresse, T., & Glasa, M. (2017). Molecular characterization of Prune dwarf virus cherry isolates from Slovakia shows their substantial variability and reveals recombination events in PDV RNA3. European journal of plant pathology, 147, 877-885. doi:10.1007/s10658-016-1055-y [DOI:10.1007/s10658-016-1055-y]
28. Predajňa, L., Sihelská, N., Benediková, D., Šoltys, K., Candresse, T., & Glasa, M. (2017). Molecular characterization of Prune dwarf virus cherry isolates from Slovakia shows their substantial variability and reveals recombination events in PDV RNA3. European journal of plant pathology, 147, 877-885. doi:10.1007/s10658-016-1055-y [DOI:10.1007/s10658-016-1055-y]
29. Ravelonandro, M. (2021). Reliable Methodologies and Impactful Tools to Control Fruit Tree Viruses. Crops, 1(1), 32-41. doi:10.3390/crops1010005 [DOI:10.3390/crops1010005]
30. Rubio, M., Martínez‐Gómez, P., Marais, A., Sánchez‐Navarro, J. A., Pallás, V., & Candresse, T. (2017). Recent advances and prospects in Prunus virology. Annals of Applied Biology, 171(2), 125-138. doi:10.1111/aab.12371 [DOI:10.1111/aab.12371]
31. Simkovich, A. J., Li, Y., Kohalmi, S. E., Griffiths, J. S., & Wang, A. (2021). Molecular identification of prune dwarf virus (PDV) infecting sweet cherry in Canada and development of a PDV full-length infectious cDNA clone. Viruses, 13(10), 2025. doi:10.3390/v13102025 [DOI:10.3390/v13102025]
32. Soltani, N., Hayati, J., Babaei, G., & Qomi, M. E. (2013). Serological and molecular detection of Prune dwarf virus infecting stone fruits of Charmahal-va-Bakhtiari province, a central region of Iran. International Journal of Plant Biology, 4(1), e4. doi:10.4081/pb.2013.e4 [DOI:10.4081/pb.2013.e4]
33. Ulubaş Serçe, Ç., Ertunç, F. İ. L. İ. Z., & ÖZtürk, A. D. N. A. N. (2009). Identification and genomic variability of Prune dwarf virus variants infecting stone fruit trees in Turkey. Journal of phytopathology, 157(5), 298-305. doi:10.1111/j.1439-0434.2008.01486.x [DOI:10.1111/j.1439-0434.2008.01486.x]
34. Ulubaş Serçe, Ç., Ertunç, F. İ. L. İ. Z., & ÖZtürk, A. D. N. A. N. (2009). Identification and genomic variability of Prune dwarf virus variants infecting stone fruit trees in Turkey. Journal of phytopathology, 157(5), 298-305. doi:10.1111/j.1439-0434.2008.01486.x [DOI:10.1111/j.1439-0434.2008.01486.x]
35. Vašková, D., Petrzik, K., & Špak, J. (2000). Molecular variability of the capsid protein of the prune dwarf virus. European Journal of Plant Pathology, 106, 573-580. doi:10.1023/A:1008742513754 [DOI:10.1023/A:1008742513754]
36. Vaskova, D., Petrzik, K., & Spak, J. )2000(. Molecular variability of the capsid protein of the Prune dwarf virus. The European Journal of Plant Pathology, 106-573. doi:10.1023/A:1008742513754 [DOI:10.1023/A:1008742513754]
37. Waterworth, H. E., & Fulton, R. W. (1964). Variation among isolates of necrotic ringspot and Prune dwarf viruses isolated from Sour Cherry. Phytopathology, 54(9), 1155-1160.
38. Zhao, S. H., Wang, J. Z., Li, M. F., Li, G. F., Ma, J., & Gou, J. W. (2009). Detection and identification of prune dwarf virus in Huairou district in Beijing. China Plant Protection, 29(2), 5-7.



XML   English Abstract   Print



بازنشر اطلاعات
Creative Commons License این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است.
دوره 12، شماره 2 - ( 9-1402 ) برگشت به فهرست نسخه ها