میتوکندری مسئول تولید 90 درصد از انرژی مورد نیاز سلول می باشد. مقداری از تفاوت‌ها در عملکرد رشد جوجه‌های گوشتی و بیان فنوتیپی راندمان غذایی ممکن است مربوط به اختلاف در راندمان عملکرد میتوکندری باشد. این پژوهش بمنظور همسانه سازی و تحلیل مرغان بومی خراسان با تاکید بر ژن ND2  به منظور بررسی جهش­های احتمالی است. بدین منظور از نمونه خون مرغ بومی خراسان، DNA ژنومی استخراج گردید و با استفاده از آغازگرهای اختصاصی این ژن، واکنش زنجیره­ای پلیمراز جهت تکثیر ژن انجام شد، محصول واکنش بر روی ژل آگارز الکتروفورز شد. باندهای حاصل با استفاده از ناقل خطی pTZ57R/T در باکتری E. coli همسانه­ سازی و توالی­ یابی شد. مقایسه نوکلئوتیدی قطعه توالی­ یابی شده با ژنوم مرجع چهار جهش را نشان داد و شباهت 99% در 100% طول خود با توالی کامل ژنوم میتوکندری Gallus gallus در توالی­های ثبت شده میتوکندری طیور با شماره دسترسی X52392.1 (ژنوم مرجع)، GU261709.1، GU261712.1، AP006746.1، KF826490.1، HQ857210.1 و AY235571.1 نشان داد. مقایسه پروتئینی نشان دهنده شباهت توالی حاصل با توالی‌های پروتئینی مربوط به ژن ND2 میتوکندری طیور در بانک اطلاعاتی بود به گونه ای که بیشترین شباهت، 100% در 100% طول خود متعلق به ژن ND2 در Gallus gallus  با شماره دسترسی BAC57576.1 و کمترین شباهت متعلق به جنس ها و گونه های  Chrysolophus amherstiae با شماره دسترسی  AAF65702.1 و Tetrastes sewerzowi با شماره دسترسی ABH01111.1 با 80% شباهت در 100% طول خود بود. همچنین توالی اسیدآمینه‌ای مرغ بومی خراسان با توالی مرجع و سایر توالی‌ها با شماره مرجع YP272073.1، BAD11115.1، NP_006916.1، ADB06584.1 و ADW41566.1 شباهت 99% در 100% طول نشان داد. پس از تبدیل توالی نوکلئوتیدی بدست آمده به توالی اسیدآمینه‌ای، با توالی پروتئینی مرجع مقایسه شد. نتیجه این مقایسه تفاوت در یک اسیدآمینه را نشان داد. در اسیدآمینه 130 لوسین که اسیدآمینه ای غیرقطبی است به اسیدآمینه غیرقطبی متیونین تبدیل شد. جهش‌های مشاهده شده در این تحقیق از آنجایی که منجر به تغییر اسید آمینه شده است می‌توان به عنوان یک پایه در بررسی‌های اختلالات سوخت وساز و صفات تحت تاثیر ژن MT-DNA در مطالعات بعدی قرار گیرد