fa توصیف پروتئین های محافظت شده فرضی ازXanthomonas citri subsp. citri ، با فعالیت محرک تولید اتیلن درگیاه آرابیدوپسیس مهندسی ژنتیک میکروارگانیسم ها و ویروسها Microrganisms and Viruses پژوهشي Research <p dir="RTL"><strong>در پژوهش&shy;های پیشین از بخش خالص شده پروتئوم باکتری </strong><strong><em><span dir="LTR">Xanthomonas campestris </span></em></strong><strong><span dir="LTR">pv<em>. campestris</em></span></strong><strong><span dir="LTR"> (<em>Xcc</em>)</span></strong> <strong>که قابلیت محرک تولید اتیلن </strong><strong>در </strong><strong>گیاه آرابیدوپسیس را داشت، حدود 60 پروتئین مختلف شناسایی شدند که از بین آنها هشت پروتئین به عنوان پروتئین فرضی محافظت شده بودند. هدف از انجام این پژوهش توصیف این پروتئین&shy;ها توسط ابزارهای بیوانفورماتیک مختلف می&shy;باشد. همه پروتئین&shy;های مورد بررسی دارای جرم مولکولی متوسطی بودند. پروتئین </strong>&nbsp;<strong><span dir="LTR">NP_640497.1</span></strong><strong> با 84/43 کیلودالتون دارای بیشترین جرم مولکولی بود. نقطه ایزوالکتریک (</strong><strong><span dir="LTR">pI</span></strong><strong>) محاسبه شده برای پروتئین&shy;ها بین 34/5 تا 5/9 متغییر بود. نوع خانواده&shy;های پروتئینی و دمین&shy;های پروتئین&shy;ها توسط ابزار پایگاه اطلاعاتی دمین&shy;های محافظت شده </strong><strong><span dir="LTR">CDD-Blast</span></strong><strong> و </strong><strong><span dir="LTR">Interpro</span></strong><strong> تعیین شد. از بین موارد مورد بررسی در پروتئین </strong><strong><span dir="LTR">NP_640912.1</span></strong><strong> دمین </strong><strong><span dir="LTR">HTH</span></strong><strong> (</strong><strong><span dir="LTR">Helix-turn-Helix</span></strong><strong>)، از بخش مرکزی پروتئین </strong><strong><span dir="LTR">NP_640497.1</span></strong><strong>، دمین </strong><strong><span dir="LTR">Enoyl_reductase</span></strong><strong>، از پروتئین </strong><strong><span dir="LTR">NP_641576.1</span></strong><strong> دو موتیف متصل شونده به یون کلسیم (</strong><strong><span dir="LTR">EF-hand, calcium binding motif</span></strong><strong>) و در پروتئین </strong><strong><span dir="LTR">NP_643454.1</span></strong><strong> دمین </strong><strong><span dir="LTR">4-hydroxybenzoyl-CoA thioesterase</span></strong><strong> از بالاخانواده </strong><strong><span dir="LTR">Hot_dog</span></strong><strong> شناسایی شد. سرور </strong><strong><span dir="LTR">COACH</span></strong><strong> برای پیش&shy;بینی جایگاه اتصال لیگاند در پروتئین&shy;ها مورد استفاده قرار گرفت و ساختار سه بعدی آنها توسط سرور </strong><strong><span dir="LTR">Phyre 2</span></strong><strong> مدل سازی شد.</strong> <strong>نتایج حاصل از این پژوهش می&shy;تواند در شناخت بهتر باکتری </strong><strong><em><span dir="LTR">Xcc</span></em></strong><strong><em>‌</em></strong><strong> و همچنین شناسایی پروتئین&shy;هایی با خاصیت الیسیتوری از این باکتری به کار گرفته شوند.</strong></p> <p>In previous work we showed that a purified extract of the proteome of bacterium <em>Xcc</em> that was able to induce ethylene production on <em>Arabidopsis</em>. Among the approximately 60 different putative proteins in the extract, eight were identified as conserved hypothetical proteins. The aim of this study is to use different bioinformatics tools to characterize these proteins. All of the investigated proteins ranged in size between 17.11 and 43.84 kilo Daltons with Protein NP_640497.1 being the largest. Calculated isoelectric points (pI) for proteins varied between 5.34 and 9.5. The type of protein families and domains of proteins was determined by conserved domain database (CDD-Blast) and Interpro. Among the investigated proteins, proteins NP_640912.1 had a HTH domain (Helix-turn-Helix); the central part of protein NP_640497 contained an Enoyl reductase domain; protein NP_641576.1 contained two calcium binding motifs (EF-hand, calcium binding motif); and protein NP_643454.1 contained a 4-hydroxybenzoyl-CoA thiesterase motif from the Hot dog superfamily. COACH server was used for predication of ligand binding sites of proteins and their three dimensional structure was modeled by Phyre 2 server. Results from this research can be used for better understanding of Xcc and also identification of proteins with elicitor activity from this bacterium.&nbsp;</p> زانتوموناس, بیوانفورماتیک, شانکر مرکبات, محرک, پروتئین Xanthomonas, Bioinformatics, Citrus canker, Elicitor, Protein 31 39 http://gebsj.ir/browse.php?a_code=A-10-171-2&slc_lang=fa&sid=1 Vahid Fallahzadeh Mamaghani وحید فلاح زاده ممقانی fallahzadeh@azaruniv.edu 10031947532846001529 10031947532846001529 Yes Plant Protection Dept.Azarbaijan Shahid Madani University گروه گیاهپزشکی دانشکده کشاورزی دانشگاه شهید مدنی آذربایجان