fa مطالعه شبکه ژنی موثر بر رشد ماهیچه سینه جوجه راس تحت داده‌های RNA-Seq مهندسی ژنتیک جانوری Animal پژوهشي Research <strong>جوجه های بومی جز مهم‌ترین </strong><strong>ذخایر</strong><strong> ژنتیکی هستند که به شرایط محیطی بخوبی سازگاری یافته‌اند. اما بطور معمول سرعت رشد و راندمان غذایی آنها در مقایسه با جوجه‌های امروزی مناسب است. مطالعات مقایسه‌ای بین جوجه‌های امروزی و مرغان بومی امکان درک علل این تفاوت‌های ژنتیکی را مهیا می‌سازد. جهت بررسی تفاوت‌های ترانسکریپتومی ژن‌ها و مسیرهای بیولوژیکی مرتبط با رشد ماهیچه سینه در دو گروه مرغ بومی و جوجه تجاری از مطالعات ژنومی تکنولوژی‌های توالی‌یابی نسل آینده استفاده شد. در این پژوهش</strong> <strong>تعداد 200 قطعه پرنده از سویه راس 708 و 200 قطعه جوجه بومی اصفهان در یک شرایط مشابه مدیریتی و تغذیه استاندارد پرورش داده شدند. در بررسی تجزیه و تحلیل داده‌های</strong><strong><span dir="LTR">RNA-Seq </span></strong><strong>&nbsp;بین دو گروه آزمایشی، پروفایل بیان ژن در 4 نمونه ماهیچه سینه 28 روزگی عمر جوجه‌ها مورد مقایسه قرار گرفت. مقایسه آماری بیان ژن‌های توالی‌یابی شده در این دو گروه، 606 ژن با تفاوت معنی‌دار را مشخص کرد. در جوجه تجاری از این تعداد 357 ژن افزایش بیان و 249 ژن کاهش بیان نشان دادند. شبکه برهم کنش پروتئین- پروتئین (</strong><strong><span dir="LTR">Protein-protein interaction</span></strong><strong>) با استفاده از 267 ژن تشکیل و از این تعداد 75 ژن در قالب سه ماژول با حداکثر سطح معنی‌داری شناسایی شد. بررسی‌های هستی شناسی ژنی نشان داد هر سه ماژول در رشد ونموی ماهیچه سینه نقش موثری را ایفا کرده و ژن‌های شاخص آن‌ها </strong><strong><span dir="LTR">JUN</span></strong><strong>، </strong><strong><span dir="LTR">EGR1</span></strong><strong>، </strong><strong><span dir="LTR">THBS1</span></strong><strong>، </strong><strong><span dir="LTR">ITGA4</span></strong><strong> و </strong><strong><span dir="LTR">ACTA2</span></strong><strong> بودند.</strong><br> &nbsp; Native chicken breeds are important genetic resource and well adapted to the local environmental conditions. However, growth rate and feed efficiency of these breeds are not appropriate. Comparative studies of commercial and native chickens provide an opportunity to characterize the biological basis of differences between them. Here, RNA-Seq technology was used to investigate differences in the transcriptomes of breast muscle-related genes and associated pathways between Ross and Isfahani&#39;s native breed. In this study, 200 birds of the Ross 708 strain and 200 native chicks of Isfahani native were reared in a similar standard management and feeding manner. We extracted total RNA from two native and two commercial breast muscle samples of the 28 days old chickens. Compared with native breed, 606 significantly DEGs (differentially expressed genes) (357 up regulated and 249 down-regulated, P-adjusted &le; 0.05) were obtained in commercial breed. PPI (Protein-protein interaction) network of DEGs (up regulated in commercial) was constructed and 267 genes were included in the resulted PPI network of which 75 genes were identified in the form of three modules with a maximum level of significance. Gene ontology studies showed that all three modules played an effective role in the growth of breast muscle and their hub genes with maximum degree were JUN, EGR1, THBS1, ITGA4 and ACTA2.<br> &nbsp; جوجه راس, شبکه ژنی, میوژن, هستی شناسی ژن, RNA-Seq Ross chicken, Gene network, Myogenic, Gene Ontology, RNA-Seq 189 203 http://gebsj.ir/browse.php?a_code=A-10-242-1&slc_lang=fa&sid=1 Seyed Nader Albooshoke سید نادر آلبوشوکه albooshoke@mail.um.ac.ir 10031947532846003153 10031947532846003153 No Ferdowsi University of Mashhad, Mashhad ,Iran دانشگاه فردوسی مشهد Mojtaba Tahmoorespur مجتبی طهمورث پور Tahmoores@um.ac.ir 10031947532846003154 10031947532846003154 Yes Department of Animal Science and, Ferdowsi University of Mashhad, Mashhad, Iran, گروه علوم دامی ، دانشکده کشاورزی، دانشگاه فردوسی مشهد، ایران MohammadReza Bakhtiarizadeh محمدرضا بختیاری زاده mrbakhtiari@ut.ac.ir 10031947532846003155 10031947532846003155 No Department of Animal Science, College of Agriculture and Natural Resources, University of Tehran, College of Aburaihan, Iran گروه علوم دامی ، دانشکده کشاورزی دانشگاه تهران, واحد ابوریحان MohammadReza Nassiri محمدرضا نصیری nassiryr@um.ac.ir 10031947532846003156 10031947532846003156 No Department of Animal Science and Institute of biotechnology, Ferdowsi University of Mashhad, Mashhad, Iran, گروه ژنتیک و اصلاح نژاد دام ، دانشکده کشاورزی دانشگاه فردوسی مشهد Saeid Esmaeikhanian سعید اسماعیل خانیان s.smailkhanian@areeo.ac.ir 10031947532846003157 10031947532846003157 No Animal Science Research Institute of Iran, Agricultural Research, Education and Extension Organization (AREEO), Karaj, Iran موسسه تحقیقات علوم دامی کشور، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، کرج، ایران