Genetic Engineering and Biosafety Journal

fa ارزیابی تنوع ژنتیکی در لاین های هاپلوئید مضاعف شده کاملینا با استفاده از نشانگرهای رتروترانسپوزونی REMAP Evaluation of genetic variation in doubled haploid lines of Camelina using REMAP retrotransposon markers تخصصی متفرقه Divers پژوهشي Research <div style="text-align: justify;">ایران کشوری نیمهخشک و خشک میباشد و بیش از 70 درصد از زمینهای کشاورزی آن دیم هستند. تا بهحال گیاهی دانه روغنی مناسب با مناطق مختلف کشور معرفی نشده است. کاملینا (Camelina sativa L.)، گیاهی دانه روغنی- دارویی از خانواده براسیکاسه، گیاهی کم توقع، با نیاز آبی-کودی پایین، مقاوم به انواع بیماریها و پاتوژنهای معمول و مناسب جهت کشت در تناوب غلات است. در این مطالعه تنوع ژنتیکی در 32 لاین هاپلوئید مضاعف شده کاملینا با استفاده از 11 آغازگر ترکیبی REMAP مورد ارزیابی قرار گرفت. هشت آغازگر نوارهای واضح و قابل امتیازدهی تولید کردند و در مجموع 74 قطعه تولید گردید که 59  قطعه (72%/79) چندشکل بودند. آغازگرهای IRAP1+P6 و IRAP1+P8 کمترین تعداد نوار (چهار نوار) و آغازگر IRAP979+P4 با تولید 15 نوار، بیشترین تعداد را تولید کردند. میزان چندشکلی آغازگرها از 23/69 درصد  تا %100 و میزان PIC از 38/0 تا 41/0 متغییر بود. خوشه بندی بر اساس ضریب تشابه جاکارد، لاینها را در شش گروه اصلی قرار داد. بر طبق تجزیه به مولفه های اصلی، دو مولفه اصلی اول در مجموع 51/21 درصد تغییرات را توجیه کردند که بیانگر پوشش مناسب نشانگرها در سطح ژنوم بود. بنابراین به نظر میرسد که نشانگر REMAP، با چندشکلی و توزیع بالا در سطح ژنوم کاملینا، یک نشانگر مناسب برای بررسی تنوع ژنتیکی در این گیاه میباشد.</div> <div style="text-align: justify;">Iran is an arid and semi-arid country and more than 70% of its agricultural lands are rainfed. So far, no oilseed plant suitable for different regions of the country has been introduced. Camelina (Camelina sativa L.) is an oily-medicinal plant of the Brassicaceae family, a low-input plant, with low water-fertilizer requirements, resistant to a variety of common diseases and pathogens and suitable for cultivation in grain rotation. In this study, genetic variation of 32 doubled haploid lines of Camelina was evaluated by using 11 REMAP primers. Eight primers produced clear and scorable strips and totally, 74 bands were produced which 59 of them were polymorphic )79/72 %). IRAP1+P6 and IRAP1+P8 primers produced the lowest number of bands (4 bands) and IRAP979+P4 marker produced the most of bands (15 bands). The amount of primer polymorphism varies from 23.69% to 100% and the amount of PIC varies from 0.38 to 0.41. Clustering based on the Jaccard similarity placed the lines in six main groups. According to the principal components analysis, the first two components contributed 21.51% of the variance, which indicated the appropriate coverage of the markers at the genome level. Thus, it seems that the REMAP marker, with its high polymorphism and high distribution in the Camelina genome, is a suitable marker for investigating the genetic diversity in this plant.</div> آغازگر, تنوع ژنتیکی, کاملینا, نشانگر REMAP, PCR Camelina, genetic variation, PCR, primer, REMAP marker 201 210 http://gebsj.ir/browse.php?a_code=A-10-452-1&slc_lang=fa&sid=1 Hamzeh Minaei Chenar حمزه مینایی چنار hamzeh.minaei@yahoo.com 10031947532846004833 000000031866799 No Department of Biotechnology, Faculty of Agriculture, Tarbiat Modares University, Thran, Iran گروه بیوتکنولوژی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه تربیت مدرس، تهران، ایران Sajad Rashidi Monfared سجاد رشیدی منفرد rashidims@modares.ac.ir 10031947532846004834 0000000153801387 Yes Department of Biotechnology, Faculty of Agriculture, Tarbiat Modares University, Thran, Iran گروه بیوتکنولوژی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه تربیت مدرس، تهران، ایران Danial Kahrizi دانیال کهریزی dkahrizi@yahoo.com 10031947532846004835 0000000217176075 No Department of Biotechnology, Faculty of Agriculture, Tarbiat Modares University, Tehran, Iran گروه بیوتکنولوژی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه تربیت مدرس، تهران، ایران Leila Zarei لیلا زارعی lzarei1360@yahoo.com 10031947532846004836 0000000211429182 No Faculty of Science and Agricultural Engineering, Campus of Agriculture and Natural Resources, Razi University, Kermanshah, Iran گروه زراعت و به نژادی، دانشکده علوم و مهندسی کشاورزی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه رازی، کرمانشاه، ایران Amin Ebrahimi امین ابراهیمی aminebrahimi@shahroodut.ac.ir 10031947532846004837 0000000176603893 No Faculty of Agriculture, Shahrood University of Technology, Semnan, Iran گروه زراعت واصلاح نباتات، دانشکده کشاورزی، دانشگاه صنعتی شاهرود، سمنان، ایران