fa شناسایی و گروه بندی خانواده عوامل رونویسی WRKY در جو مهندسی ژنتیک جانوری Animal پژوهشي Research <p dir="RTL"><strong>تنش‌</strong><strong><span dir="LTR">‌‌‌‌</span></strong><strong>های زیستی و غیر&shy;زیستی از مهمترین عوامل محدود&shy;کننده عملکرد گیاهان زراعی مانند جو</strong> <strong>هستند.</strong><strong> عوامل رونویسی در تنظیم ژن‌های پاسخ &shy;دهنده به این تنش‌ها دخالت دارند که </strong><strong>خانواده ژنی </strong><strong><em><span dir="LTR">WRKY</span></em></strong><strong> رمز کننده گروه بزرگی از آنهاست. بنابراین شناسایی و مطالعه این خانواده ژنی می‌تواند گامی موثر برای ایجاد تحمل به تنش‌ها در گیاهان باشد. در پژوهش حاضر، دانستنی‌های مربوط به اعضای خانواده </strong><strong><span dir="LTR">WRKY</span></strong><strong> جو از پایگاه‌های داده جمع آوری شدند. با انتخاب یک عضو از هر زیر گروه ژن‌های </strong><strong><em><span dir="LTR">WRKY</span></em></strong><strong> در برنج، </strong><strong><span dir="LTR">tBLASTN</span></strong><strong> در پایگاه داده‌های </strong><strong><span dir="LTR">IBSC</span></strong> <strong>و </strong><strong><span dir="LTR">NCBI</span></strong><strong> انجام شد تا اعضای احتمالی دیگر این </strong><strong>خانواده </strong><strong>نیز اضافه شدند. بر اساس مدل مخفی مارکوف، جستجو برای توالی‌های دارای منطقه حفاظت شده </strong><strong><span dir="LTR">WRKY</span></strong><strong> علیه </strong><strong>همه پروتئین‌های این خانواده و هر زیر گروه آنها</strong><strong> انجام شد. اعضای پیدا شده که شامل 96 عضو</strong> <strong>و یک توالی از هر زیرگروه عوامل رونویسی </strong><strong><span dir="LTR">WRKY</span></strong><strong> از گیاهان آرابیدوپسیس، برنج و گندم</strong><strong> بودند، </strong><strong>به صورت چندگانه هم ردیف شده و درخت فیلوژنتیک آنها رسم شد. </strong><strong>توالی‌های موجود</strong><strong> بر مبنای تعداد پهنه‌های </strong><strong><span dir="LTR">WRKY</span></strong><strong> و ساختار انگشت روی موجود در سه ‌گروه دسته‌بندی شدند. بر این اساس ۱۳</strong><strong>پروتئین </strong><strong>در گروه </strong><strong><span dir="LTR">I</span></strong><strong>،3۰ پروتئین‌ با ساختار انگشت روی </strong><strong><span dir="LTR">Cx₇Cx₂₃HxC</span></strong><strong> در گروه </strong><strong><span dir="LTR">III</span></strong><strong> و بقیه پروتئین‌ها با ساختار انگشت روی </strong><strong><span dir="LTR">Cx_4-5Cx_22-23HxH</span></strong><strong> در گروه </strong><strong><span dir="LTR">II</span></strong><strong> قرار گرفتند. با توجه به نقش گروه </strong><strong><span dir="LTR">III</span></strong> <strong>در </strong><strong>تحمل گیاه به تنش&shy;های زیستی و غیر زیستی،</strong><strong> فزونی </strong><strong>درصد </strong><strong>حضور</strong><strong> اعضای این گروه در جو همانند گندم نسبت به </strong><strong>میانگین گیاهان عالی را می&shy;توان با مضاعف شدگی در</strong> <strong>اجداد وحشی تک لپه &shy;ای&shy; ها و انتخاب طبیعی برای ارقام مقاوم‌تر در شرایط نامساعد محیطی در ارتباط دانست.</strong></p> <p>biotic and abiotic stresses are the most important constraints on production by crop plants, including barley. Transcription factors are involved in the regulation of biotic and abiotic stress- response genes and the WRKY transcription factor family encodes a large group of them. Therefore, identification and classification of these factors represent important steps in our quest to find smart strategies for enhancing stress tolerance in plants. In an attempt to identify WRKY transcription factors in barley, multiple searches were done in Plant TFDB and Gramineae TFDB databases. Rice WRKY-conserved sequences were used as the templates for tBLASTN searches in the nr, EST and HTGS datasets for finding new members in barley. An HMM search was used to find sequences containing WRKY conserved domains. The identified 96 HvWRKYs as well as one member of each WRKY subgroup from Arabidopsis, rice and wheat were subjected to multiple alignment using clustalx software and phylogenetic trees were reconstructed using MEGA6 software based on neighbor-joining method with a 1000 repeats bootstrap index. Sequences were divided into 3 groups based on the number of WRKY domains and the structure of zinc-finger motifs. Conclusively, there were 13 proteins with 2 WRKY conserved domain in group I, 30 proteins with 1 WRKY conserved domain and Cx₇Cx₂₃HxC zinc-finger motif in group III and other proteins with 1 WRKY conserved domain and Cx_4-5Cx_22-23HxH zinc-finger motif in group II. Regarding the role of group III in plant tolerance to abiotic and biotic stresses, it can be argued that the higher percentage presence of group III members in barley that are similar to rice than to other higher plants can be attributed to duplications in wild monocotyledous ancestors and natural selection for more resistant genotypes in harsh conditions.</p> جو خانواده ژنی WRKY درخت فیلوژنتیک عوامل رونویسی مدل مخفی مارکوف Abiotic stresses, Transcription factors, HMM, Phylogenetic tree, Multiple alignment. 41 54 http://gebsj.ir/browse.php?a_code=A-10-117-1&slc_lang=fa&sid=1 Beniamin Yazdani بنیامین یزدانی beniamin.yazdani@gmail.com 10031947532846001668 10031947532846001668 No university of mohaghegh-e-ardebili دانشگاه محقق اردبیلی Rasoul Asghari-Zakaria رسول اصغری زکریا rrasghari@yahoo.com 10031947532846001669 10031947532846001669 No university of mohaghegh-e-ardebili دانشگاه محقق اردبیلی Zahra-sadat Shobbar زهرا سادات شبر shobbar@abrii.ac.ir 10031947532846001670 10031947532846001670 Yes ABRII پژ.هشکده بیوتکنولوژی کشاورزی