[صفحه اصلی ]   [Archive] [ English ]  
:: صفحه اصلي :: درباره نشريه :: آخرين شماره :: تمام شماره‌ها :: جستجو :: ثبت نام :: ارسال مقاله :: تماس با ما ::
:: دوره 9، شماره 2 - ( 10-1399 ) ::
جلد 9 شماره 2 صفحات 181-193 برگشت به فهرست نسخه ها
طراحی یک مدل بیوانفورماتیکی برای پیش‌‌بینی فعالیت ترکیبات دارویی و کاربرد آن بر مهار تکثیر HIV و ژن BACE-1
کریم عباسی، علی مسعودی نژاد*
آزمایشگاه سیستم بیولوژی و بیوانفورماتیک، مرکز تحقیقات بیوشیمی و بیوفیزیک، دانشگاه تهران، ایران ، amasoudin@ut.ac.ir
چکیده:   (1219 مشاهده)
در این مقاله روش جدیدی برای مسئله پیش‌‌بینی خواص ترکیب‌‌های مولکولی در قدم بهینه‏سازی پیشرو در طراحی دارو ارائه می‌‌گردد. تعداد داده‏های برچسب شده در دسترس در قدم بهینه‏سازی پیشرو اندک است. در سال‌‌های اخیر این چالش مورد توجه قرار گرفته است و از تکنیک‌‌های یادگیری انتقالی و یادگیری عمیق برای حل آن استفاده شده است. بدین منظور از مجموعه‌‌داده‌‌های مشابه به عنوان داده‌‌های کمکی برای آموزش یک مدل قابل اعتماد بهره گرفته شده است. در این روش‌‌، استخراج ویژگی از ترکیب‌‌های مولکولی نقش اساسی در انتقال دانش از مجموعه‌‌داده‌‌های مشابه (کمکی) به مجموعه داده‌‌ی اصلی ایفا می‌‌کند. در این مقاله تاثیر استفاده از شبکه‌‌های پیچشی گرافی که علاوه بر در نظر گرفتن ویژگی‌‌های اتم‌‌ها، قادر به در نظر گرفتن ویژگی‌‌های پیوندهای مولکولی می‌‌باشد، سنجیده می‌‌گردد. برای ارزیابی روش، از دو مجموعه داده استاندارد BACE و HIV بهره گرفته شده است. نتایج بیانگر این امر است که روش پیشنهادی قادر به استخراج دانش موثرتری از مجموعه داده‌‌های مشابه برای انتقال به مجموعه‌‌داده‌‌ی هدف بوده است.
واژه‌های کلیدی: ترکیب دارویی، شبکه پیچیشی گرافی، پیوندهای مولکولی، یادگیر عمیق، یادگیری انتقالی.
متن کامل [PDF 861 kb]   (175 دریافت)    
نوع مطالعه: پژوهشي | موضوع مقاله: تخصصی متفرقه
دریافت: 1399/11/5 | پذیرش: 1399/12/10 | انتشار: 1399/12/11
ارسال نظر درباره این مقاله
نام کاربری یا پست الکترونیک شما:

CAPTCHA


XML   English Abstract   Print


Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:

Abbasi K, Masoudi-Nejad A. Design of a bioinformatics model to predict drug compound properties and its application in inhibition of HIV replication and BACE-1. Genetic Engineering and Biosafety Journal. 2020; 9 (2) :181-193
URL: http://gebsj.ir/article-1-363-fa.html

عباسی کریم، مسعودی نژاد علی. طراحی یک مدل بیوانفورماتیکی برای پیش‌‌بینی فعالیت ترکیبات دارویی و کاربرد آن بر مهار تکثیر HIV و ژن BACE-1. مهندسی ژنتیک و ایمنی زیستی. 1399; 9 (2) :181-193

URL: http://gebsj.ir/article-1-363-fa.html



بازنشر اطلاعات
Creative Commons License این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است.
دوره 9، شماره 2 - ( 10-1399 ) برگشت به فهرست نسخه ها
دوفصل نامه علمی-پژوهشی مهندسی ژنتیک و ایمنی زیستی Genetic Engineering and Biosafety Journal
Persian site map - English site map - Created in 0.04 seconds with 29 queries by YEKTAWEB 4341