توصیف پروتئین های محافظت شده فرضی ازXanthomonas citri subsp. citri ، با فعالیت محرک تولید اتیلن درگیاه آرابیدوپسیس
|
وحید فلاح زاده ممقانی* |
گروه گیاهپزشکی دانشکده کشاورزی دانشگاه شهید مدنی آذربایجان ، fallahzadeh@azaruniv.edu |
|
چکیده: (6817 مشاهده) |
در پژوهشهای پیشین از بخش خالص شده پروتئوم باکتری Xanthomonas campestris pv. campestris (Xcc) که قابلیت محرک تولید اتیلن در گیاه آرابیدوپسیس را داشت، حدود 60 پروتئین مختلف شناسایی شدند که از بین آنها هشت پروتئین به عنوان پروتئین فرضی محافظت شده بودند. هدف از انجام این پژوهش توصیف این پروتئینها توسط ابزارهای بیوانفورماتیک مختلف میباشد. همه پروتئینهای مورد بررسی دارای جرم مولکولی متوسطی بودند. پروتئین NP_640497.1 با 84/43 کیلودالتون دارای بیشترین جرم مولکولی بود. نقطه ایزوالکتریک (pI) محاسبه شده برای پروتئینها بین 34/5 تا 5/9 متغییر بود. نوع خانوادههای پروتئینی و دمینهای پروتئینها توسط ابزار پایگاه اطلاعاتی دمینهای محافظت شده CDD-Blast و Interpro تعیین شد. از بین موارد مورد بررسی در پروتئین NP_640912.1 دمین HTH (Helix-turn-Helix)، از بخش مرکزی پروتئین NP_640497.1، دمین Enoyl_reductase، از پروتئین NP_641576.1 دو موتیف متصل شونده به یون کلسیم (EF-hand, calcium binding motif) و در پروتئین NP_643454.1 دمین 4-hydroxybenzoyl-CoA thioesterase از بالاخانواده Hot_dog شناسایی شد. سرور COACH برای پیشبینی جایگاه اتصال لیگاند در پروتئینها مورد استفاده قرار گرفت و ساختار سه بعدی آنها توسط سرور Phyre 2 مدل سازی شد. نتایج حاصل از این پژوهش میتواند در شناخت بهتر باکتری Xcc و همچنین شناسایی پروتئینهایی با خاصیت الیسیتوری از این باکتری به کار گرفته شوند. |
|
واژههای کلیدی: زانتوموناس، بیوانفورماتیک، شانکر مرکبات، محرک، پروتئین |
|
متن کامل [PDF 313 kb]
(3854 دریافت)
|
نوع مطالعه: پژوهشي |
موضوع مقاله:
مهندسی ژنتیک میکروارگانیسم ها و ویروسها دریافت: 1395/5/4 | پذیرش: 1395/8/21 | انتشار: 1395/9/17
|
|
|
|