گروه مهندسی تولید و ژنتیک گیاهی دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید چمران اهواز، اهواز ایران ، k.sorkheh@scu.ac.ir
چکیده: (2475 مشاهده)
ژنهایABC transporter (ATP-binding Cassette) یکی از بزرگترینخانوادههای ژنی هستند که در سه قلمرو باکتریها،یوباکتریها و یوکاریوتهایافت میشوند. بیشتر پروتئین‌های شناخته شدهABC ، وابسته به ATP بوده و ناقلین غشایی قادر به جابجایی و انتقال محدوده وسیعی از مولکول‌های درون و بیرون غشای سلولی اند. این ناقلین در فرآیندهای زیستی متنوعی نقش مهمی دارند. از آنجا که تاکنون مطالعه جامعی در رابطه با شناساییABC transporterها در گیاه سیب زمینی انجام نشده است، در این تحقیق با جستجو در پایگاه اطلاعاتی NCBI و غربالگری ژنهای شناسایی شده، در نهایت 228 ژن ABC transporter شناسایی شد. تجزیه و تحلیل هستی شناسی(GO) نشان داد که حدود %53 ازABC transporter ها در فرآیندهای بیولوژیکی وظیفه انتقال و جابجایی مواد را برعهده دارند. همچنین، تجزیه و تحلیل عملکرد مولکولی و محتوای سلولی نشان داد به ترتیب %32 به عنوان ATP-binding و%43 از آنها جزء عملگرهای غشاهای درونی هستند. همچنین بررسی عناصرCisدر پروموتور ژنهای ABC transporter انجام گرفت که در نهایت 13عنصر در تنش خشکی و 3 عنصر در تنش شوری مشخص گردید. درنهایت الگوی بیانی 8 ژنABC transporter انتخاب شده تحت تنشهای خشکی و شوری با استفاده از روش qPCRمورد تائید و بررسی قرار گرفت. نتایج بررسیها نشان داد، ژنهای مورد مطالعه تحت تاثیر تنشها بودند. ژنهای StABC-050،StABC-084 و StABC-124 در تنش خشکی و نیز ژنهای StABC-084 و StABC-001در برابر تنش شوری دارای افزایش بیان بودند. در ادامه جهت اطمینان از اعمال تنشهای وارد شده، میزان پرولین و RWC و نیز سدیم-پتاسیم اندازه گیری شد. طبق نتایج به دست آمده با افزایش تنش خشکی، مقدار پرولین در مراحل نموی مختلف روند افزایشی و رطوبت نسبی دارای روند کاهشی بود به طوری که این کاهش در میزان RWC با کنترل، در سطح %1 اختلاف معنیداری را نشان داد. هدف از این تحقیق، شناسایی بیوانفورماتیکی و بررسیالگوی بیان ژنهای انتخابی ABC transporter تحت تنش خشکی و شوری در سیب زمینی بود.
Pourfarid B, Sorkheh K, Martinez-Gomez P. Identification of ABC-Transporter gene family and analysis of gene co-expression network pattern in different stages of potato stolone development in response to drought and salinity stress. Genetic Engineering and Biosafety Journal 2021; 10 (1) :23-46 URL: http://gebsj.ir/article-1-371-fa.html
پورفرید بهاره، سرخه کریم، مارتینز گومز پدرو. شناسایی خانواده ژنی ABC-Transporter و آنالیز الگوی همزمانی شبکه بیان ژنی در مراحل مختلف نموی استولون سیب زمینی در پاسخ به تنشهای خشکی و شوری. مهندسی ژنتیک و ایمنی زیستی. 1400; 10 (1) :23-46
