|
توسعه نشانگرهای مولکولی EST-SSR مرتبط با مسیرهای متابولیکی در کلوس (Kelussia odoratissima Mozaff)
|
مریم رمضانی    ، فرهاد نظریان فیروزآبادی* ، احمد اسماعیلی ، سید سجاد سهرابی |
| گروه مهندسی تولید و ژنتیک گیاهی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه لرستان، خرم‌آباد، ایران ، nazarian.f@lu.ac.ir |
|
|
چکیده: (139 مشاهده) |
| کلوس (Kelussia odoratissima Mozaff) یکی از مهم‌ترین گیاهان دارویی و در معرض انقراض ایران است. کلوس نه‌تنها به‌عنوان یک سبزی ارزشمند به‌صورت خام مورد استفاده قرار می‌گیرد، بلکه دارای خواص درمانی بسیاری هم در طب سنتی و هم در ترکیبات داروهای گیاهی مدرن از منظر فارماکولوژیکی است. فقدان اطلاعات تنوع ژنتیکی و همچنین عدم شناخت ساز‌وکار تولید متابولیت‌های مهم در این گیاه، تحقیقات ژنتیکی پیرامون این گیاه را با چالش مواجهه کرده است. در پژوهش حاضر، با هدف توسعه نشانگرهای EST-SSR در مقیاس بالا، از فرآیند سرهمبندی نوپدید خوانشهای کوتاه حاصل از فناوری توالییابی RNA استفاده شد. تعداد 7575 مکان ریزماهواره در 6388 یونیژن در ترنسکریپتوم کلوس شناسایی شد. در میان این نشانگرها، موتیفهای دو نوکلئوتیدی و پس از آن تک و سه نوکلئوتیدی بالاترین فراوانی را نشان دادند. نتایج بلاست رونوشت‌های حاوی ریزماهواره نشان داد که 74/79 درصد از رونوشتها دارای حداقل یک رکورد در پایگاه پروتئین‌های غیرتکراری بودند. جستجوی عوامل رونویسی، تفسیر کارکردی و همچنین مستندسازی رونوشتها در برابر پایگاه KEGG، اکثر یونیژنهای حاوی ریزماهواره را در مسیرهای متابولیکی و بیوسنتز متابولیت‌های ثانویه دخیل دانست. نتایج حاصل نشان داد که این نشانگرها به تحلیل تنوع ژنتیکی و مسیرهای متابولیکی این گیاه کمک می‌کنند، اطلاعاتی که می‌تواند در حفظ و بهره‌برداری پایدار از این گیاه با اهمیت مهم تلقی شوند. |
|
| واژه‌های کلیدی: تفسیر کارکردی، تنوع ژنتیکی، کلوس، نسل جدید توالییابی، نشانگر مولکولی |
|
|
|
نوع مطالعه: پژوهشي |
موضوع مقاله:
مهندسی ژنتیک گیاهی
دریافت: 1402/5/16 | پذیرش: 1402/6/24 | انتشار: 1402/12/24
|
|
|
|
|
|
