کاربرد بیوتکنولوژی در اصلاح گیاهان زراعی نیاز به منابع ژنتیکی برای تحمل به شوری و پایداری عملکرد دارد. گیاه آلوروپوس لیتورالیس (Aeluropus littoralis) مدل مناسبی برای پژوهش‌های ژنتیکی و درک مولکولی ساز و کارهای تحمل به شوری در تک لپه‌ای‌ها است. به خصوص این‌که درصد بالای همولوژی با ژن‌های برنج دارد. در این بررسی ۱۵۰ EST که تحت تنش شوری از گیاه آلوروپوس لیتورالیس جداسازی شده بود را از بانک‌های اطلاعاتی دریافت و بعد از حذف توالی‌های تکراری، عملکرد احتمالی و شباهت آن‌ها با داده‌های موجود در بانک داده‌ها بررسی شد. نتایج نشان داد که ۷۱ EST با توالی‌های پروتئینی موجود در بانک داده‌ها شباهت داشت و عملکرد آن‌ها نیز مشخص شد درحالی‌که ۱۴ EST با داده‌های موجود در بانک داده‌ها شباهت داشت اما عملکرد آن‌ها در بانک داده‌ها مشخص نبود و همچنین ۷ EST نیز با هیچکدام از پروتئین‌های موجود در بانک داده‌ها شباهت نداشته و عملکرد آن‌ها ناشناخته باقی ماند. نتایج هم‌ردیفی ESTهای بررسی شده از نظر عملکردی نشان داد که ESTهای ایزوله شده، در ۱۹ گروه مختلف قرارگرفتند. ۱۶ EST در انتقال مواد (از گروه ژن‌های ترانسپورتر) در گیاه فعالیت داشته، ۱۳ ESTها در گروه پروتئین‌های ریبوزومی بوده که در ساختار ریبوزوم و عمل ترجمه دخالت دارند. سایر ESTها نیز در فعالیت‌هایی از قبیل تنظیم فعالیت کانال‌های سلولی، ویرایش آر.ان.اِ و تقسیم سلولی دخیل هستند. در مجموع نتایج پژوهش نشان داد که با توجه به درصد بالای همولوژی آلوروپوس لیتورالیس با ژن‌های برنج در مقایسه با سایر گیاهان، مهندسی ژنتیک در این گیاه می‌تواند به تعیین تفاوت تحمل به شوری بین گیاهان گلایکوفیت و هالوفیت کمک کند.

در پژوهش­های پیشین از بخش خالص شده پروتئوم باکتری Xanthomonas campestris pv. campestris (Xcc) که قابلیت محرک تولید اتیلن در گیاه آرابیدوپسیس را داشت، حدود ۶۰ پروتئین مختلف شناسایی شدند که از بین آنها هشت پروتئین به عنوان پروتئین فرضی محافظت شده بودند. هدف از انجام این پژوهش توصیف این پروتئین­ها توسط ابزارهای بیوانفورماتیک مختلف می­باشد. همه پروتئین­های مورد بررسی دارای جرم مولکولی متوسطی بودند. پروتئین  NP_۶۴۰۴۹۷,۱ با ۸۴/۴۳ کیلودالتون دارای بیشترین جرم مولکولی بود. نقطه ایزوالکتریک (pI) محاسبه شده برای پروتئین­ها بین ۳۴/۵ تا ۵/۹ متغییر بود. نوع خانواده­های پروتئینی و دمین­های پروتئین­ها توسط ابزار پایگاه اطلاعاتی دمین­های محافظت شده CDD-Blast و Interpro تعیین شد. از بین موارد مورد بررسی در پروتئین NP_۶۴۰۹۱۲,۱ دمین HTH (Helix-turn-Helix)، از بخش مرکزی پروتئین NP_۶۴۰۴۹۷,۱، دمین Enoyl_reductase، از پروتئین NP_۶۴۱۵۷۶,۱ دو موتیف متصل شونده به یون کلسیم (EF-hand, calcium binding motif) و در پروتئین NP_۶۴۳۴۵۴,۱ دمین ۴-hydroxybenzoyl-CoA thioesterase از بالاخانواده Hot_dog شناسایی شد. سرور COACH برای پیش­بینی جایگاه اتصال لیگاند در پروتئین­ها مورد استفاده قرار گرفت و ساختار سه بعدی آنها توسط سرور Phyre ۲ مدل سازی شد. نتایج حاصل از این پژوهش می­تواند در شناخت بهتر باکتری Xcc‌ و همچنین شناسایی پروتئین­هایی با خاصیت الیسیتوری از این باکتری به کار گرفته شوند.

جمینی‌ویروس‌ها یکی از مهمترین عوامل محدود کننده‌ کشت گوجه‌فرنگی در سراسر جهان محسوب ‌می‌شوند. ویروس‌ پیچیدگی‌ برگ‌ گوجه‌فرنگی Tomato leaf curl virus (ToLCV) یکی از اعضای خانواده جمینی‌ویریده می‌باشد که دارای گونه‌های با‌ بیماریزایی شدید‌ و‌ خفیف است. مشخص ‌شده ‌است که برخی ‌از miRNAهای میزبان قادرند ویروس‌های حیوانی را هدف ‌قرار ‌داده و مانع از استقرار آنها شوند. تاکنون هیچ گزارشی مبتنی بر روش‌های آزمایشگاهی، در‌ مورد ویروس‌های گیاهی ارائه ‌نشده‌ است. با‌ این‌وجود براساس تحلیل‌های بیوانفورماتیکی، ویروس‌های گیاهی نیز می‌توانند به‌وسیله miRNAهای میزبان هدف ‌قرار ‌گیرند. در این تحقیق، با‌ استفاده‌ از روش‌های بیوانفورماتیکی امکان اتصال miRNAهای مختلف میزبان به گونه‌های شدید و خفیف ToLCV بررسی شده‌است. نتایج نشان‌داد miR۱۵۶ امکان اتصال به هر‌ دو گونه‌ ToLCV را دارد. گونه‌ خفیف ویروس، مورد ‌هدف miR۱۵۷، miR۱۶۸، miR۳۹۶ و miR۱۶۶ قرار‌ می‌گیرد درحالی که گونه‌ شدید، ToLCV-Au، توسط گروه دیگری از miRNAها شامل miR۱۵۹، miR۳۱۹ و miR۴۰۳ هدف ‌قرار‌ می‌گیرد. تمام miRNAها بجز miR۱۵۶a با نواحی کد کننده‌ ژنوم ویروس‌ها جفت می‌شوند. در مورد ویروس ToLCV-Au، miRNA۳۱۹c به ژن V۱ متصل می شود. miR۱۵۹c و miR۴۰۳ به ترتیب به ژن های C۱ و C۳ متصل می شوند. ژن C۱ گونه‌ ToLCV-Ir، توسط miR۱۵۷a و miR۱۵۶h و ژن V۲ آن نیز در محل های مختلف مورد هدف miRNAها شامل miR۱۶۸b، miR۳۹۶b و miR۱۶۶i قرار می‌گیرد. نقش احتمالی miRNAهای به‌دست‌ آمده در تولید علائم شدید و خفیف توسط هر ‌دو گونه بحث ‌شده ‌است.