fa شناسایی و همسانه سازی ژن داخلی مناسب پنبه در راستای افزایش کارایی بررسی های مولکولی مهندسی ژنتیک گیاهی Plant پژوهشي Research <strong><span style="font-family:b zar;">ژن داخلی مناسب در بررسی کیفیت </span></strong><strong><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;">DNA</span></span></strong><strong><span style="font-family:b zar;"> ژنوم و آنالیز</span></strong> <strong><span style="font-family:b zar;">محصولات تراریخته از اهمیت فراوانی برخوردار است. در این پژوهش، به&shy;منظور دستیابی به ژن داخلی مناسب در پنبه، از ژن </span></strong><strong><em><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;">SadI</span></span></em></strong><strong><span style="font-family:b zar;"> استفاده شد. ابتدا</span></strong><strong><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;">DNA </span></span></strong><strong><span style="font-family:b zar;">&nbsp;ژنومی استخراج گردید، سپس با استفاده از آغازگرهای اختصاصی طراحی&shy;شده با نرم‌افزار </span></strong><strong><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;">Vector NTI</span></span></strong><strong><span style="font-family:b zar;">، واکنش </span></strong><strong><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;">PCR</span></span></strong><strong><span style="font-family:b zar;"> انجام گرفت. محصول واکنش </span></strong><strong><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;">PCR</span></span></strong><strong><span style="font-family:b zar;"> دو قطعه 623 و 544 جفت&shy;بازی بود. قطعات موردنظر در پلاسمید </span></strong><strong><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;">pTZ57R/T</span></span></strong><strong><span style="font-family:b zar;"> همسانه شدند. پلاسمیدهای نوترکیب از طریق </span></strong><strong><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;">PCR</span></span></strong><strong><span style="font-family:b zar;"> کلونی با آغازگرهای اختصاصی و آغازگرهای </span></strong><strong><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;">M13</span></span></strong><strong><span style="font-family:b zar;"> شناسایی شدند. در ادامه توالی&shy;یابی صورت گرفت.</span></strong> <strong><span style="font-family:b zar;">بررسی توالی نوکلئوتیدی نشان داد که این دو قطعه مربوط به نسخه&shy;های مختلف ژن </span></strong><strong><em><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;">Sad1</span></span></em></strong><strong><span style="font-family:b zar;"> هستند، که در نسخه اول یک حذف 79 جفت بازی در ناحیه اینترون دوم اتفاق افتاده است. این تحقیق، اولین گزارش از توالی&shy;یابی ژن داخلی است که با اثبات وجود دو نسخه متفاوت برای ژن </span></strong><strong><em><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;">Sad1</span></span></em></strong><strong><span style="font-family:b zar;">، می&shy;توان در مطالعات مختلف به&shy;عنوان ژن داخلی مناسب از آن استفاده کرد.</span></strong><br> &nbsp; The use of an appropriate reference gene for assessment of DNA and genome quality and analysis of transgenic crops is very important. In this research, we have evaluated the <em>SadI</em> gene as a potential reference gene in cotton. First, DNA was extracted, and then a PCR reaction was done using appropriative primers designed for Vector NTI. The PCR products were 623 and 544 bp fragments. The fragments were cloned in pTZ57R/T plasmid. Recombinant plasmids were identified by PCR colony hybridization with appropriative primers and M13 primers and then were sequenced. The sequencing results showed that these two fragments are related to two different copies of the <em>SadI</em> &nbsp;gene that in one of copies a 79 bp deletion had occurred in the second interon. This research is the first report from sequencing of a reference gene showing the presence of two different copies of the <em>SadI</em> gene, and affirming that it is a suitable reference gene for different studies.<br> &nbsp; پنبه, ژن داخلی, همسانه‌سازی, بیوانفورماتیک, ژن sadI Bioinformatics, Cloning, Cotton, Reference gene, sad1 gene 77 84 http://gebsj.ir/browse.php?a_code=A-10-235-1&slc_lang=fa&sid=1 Masoud Tohidfar مسعود توحیدفر M_tohidfar@sbu.ac.ir 10031947532846001438 10031947532846001438 Yes Dept of Plant Biotechnology, College of Science and Biotech, Shahid Beheshti University, Iran. گروه بیوتکنولوژی گیاهی دانشکده زیستی وزیست فنآوری دانشگاه شهید بهشتی Sara Dezhsetan سارا دژستان sdezhsetan@gmail.com 10031947532846001439 10031947532846001439 No Department of Agronomy and Plant Breeding, Faculty of Agriculture, University of Mohaghegh Ardabili, Iran گروه زراعت و اصلاح نباتات دانشکده کشاورزی دانشگاه محقق اردبیلی، ایران