Genetic Engineering and Biosafety Journal

fa طراحی پلی توپ واکسن علیه ویبریو کلرا: رویکردی وارونه برای طراحی واکسن Bioinformatics design of a vaccine against Vibrio cholerae using the reverse approach تخصصی متفرقه Divers پژوهشي Research طراحی واکسن درگذشته تا به امروز براساس روشهای کلاسیک صورت میگیرد که زمانبر، هزینهبر و دارای ملاحظاتی هستند، اما با کشف ژنوم و تعیین توالی ژن، روشهای مدرنی برای طراحی واکسن ابداع شده که از جمله آن میتوان به روش طراحی واکسن به روش معکوس اشاره کرد. در این پژوهش از سرور NCBI (ORF Finder) به منظور یافتن توالیهای  Coding و برای مکانیابی پروتئین از سرور PSORTb  استفاده شده و بررسی آلرژنیک بودن پروتئین از سرور  Algpred و به منظور پیشبینی اپی توپ خطی و فضایی از سرورهای  LBtope – ABCpred - IEDB CBTOPE - Disco Tope 2.0 – IEDB (Ellipro) اپی توپ نهایی انتخاب شده و سپس تجزیه و تحلیل سازه پلی توپی را توسط سرور ExPasy (ProtParam) بررسی کردیم و در نهایت با سرور JCat  توالی نوکلئوتیدی بهینه شده را بدست آوردیم. با استفاده از این روش 6074 چارچوب خوانش و همچنین 43 پروتیین سطحی و ترشحی شناسایی گردیده که در نهایت، 10 اپی توپ مناسب به عنوان کاندیدای واکسن قادر به ایجاد ایمنی در برابر طیف وسیعی از سویهها می باشند، امید است که راه پیشرفت تولید این واکسن را بسیار آسان کنند. <div style="text-align: justify;">Vaccine design from the past to the present is based on classical methods, which are time consuming, costly and have some risks, but with the discovery of the genome and gene sequencing, the modern methods for vaccine design have been developed, including Referred to the reverse method of vaccine design (vaccine polytop). In this study we used NCBI (ORF Finder) to find the coding sequences, PSORTb server to locate the protein, Algpred server to check the allergenicity of the protein and LBtope - ABCpred - IEDB CBTOPE servers - Disco Tope 2.0 - IEDB (Ellipro) to predict the linear and spatial epitopes. The final epitope was selected and then we analyzed the polypepe structure by ExPasy server (ProtParam) and finally obtained the optimized nucleotide sequence with JCat server. Using this method, 6074 reading frameworks as well as 43 surface and secretory proteins were identified, from which, finally, 10 suitable epitopes that are able to provide immunity against a wide range of strains were selected as a vaccine candidate. It is hoped that this will facilitate the development of this vaccine.</div> ‌ بیوانفورماتیک, سازه پلی توپی, پروتئین, عامل وبا, واکسن سازی به ‌روش معکوس bioinformatics, polytope vaccine, protein, agent of cholera, ‎reverse vaccinology 116 126 http://gebsj.ir/browse.php?a_code=A-10-347-2&slc_lang=fa&sid=1 Mina Oghbatalab مینا عقبی طلب mina_mgh6731@yahoo.com 10031947532846003570 10031947532846003570 No Faculty of Chemistry and Chemical Engineering, Malek Ashtar University of Technology, Tehran, Iran مجتمع دانشگاهی شیمی و مهندسی شیمی، دانشگاه صنعتی مالک اشتر، تهران، ایران Mohammadjavad Dehghan Esmat Abadi محمدجواد دهقان عصمت ابادی mohammad_dehghan@mut.ac.ir 10031947532846003571 10031947532846003571 Yes Faculty of Chemistry and Chemical Engineering, Malek Ashtar University of Technology, Tehran, Iran مجتمع دانشگاهی شیمی و مهندسی شیمی، دانشگاه صنعتی مالک اشتر، تهران، ایران Alireza Saeedinia علیرضا سعیدی نیا a.saeedinia@modares.ac.ir 10031947532846003572 10031947532846003572 No Faculty of Chemistry and Chemical Engineering, Malek Ashtar University of Technology, Tehran, Iran مجتمع دانشگاهی شیمی و مهندسی شیمی، دانشگاه صنعتی مالک اشتر، تهران، ایران Mohammad ali Yaghobi Moghaddam محمدعلی یعقوبی مقدم mohammad_1811375@yahoo.com 10031947532846003573 10031947532846003573 No Faculty of Chemistry and Chemical Engineering, Malek Ashtar University of Technology, Tehran, Iran مجتمع دانشگاهی شیمی و مهندسی شیمی، دانشگاه صنعتی مالک اشتر، تهران، ایران