Genetic Engineering and Biosafety Journal

fa بررسی پروتئوم رقم متحمل به خشکی سویا با استفاده از روش دی متیل لیبلینگ Analysis of Soybean Drought-Tolerant Cultivar Proteome Using Dimethyl Labeling Method تخصصی متفرقه Divers پژوهشي Research <div style="text-align: justify;">سویا یکی از مهمترین محصولات تجاری کشاورزی در سر‌‌‌تا سر دنیا است که تولید آن به دلیل آسیب‌های ناشی از تنش‌های محیطی محدود شده است. از جمله مهمترین تنش‌ها می توان به خشکی یا کمبود آب خاک اشاره کرد. در این تحقیق از یک نوع روش نشاندار کردن به نام Isotope dimethyl labeling  برای پروتئومیکس کمی و یا بررسی تغییرات پروتئینی مرتبط با پاسخ به تنش خشکی در دو رقم حساس و متحمل به خشکی سویا ، استفاده شد. با استفاده از تجزیه و تحلیل داده‌های حاصل از کروماتوگرافی مایع طیف سنجی جرمی LC-MS/MS، 17787 پپتید شناسایی شدند که از این تعداد، 874 پپتید (مربوط به 260 گروه پروتئینی) بعنوان تکرارپذیر و منحصر به فرد (Non-redundant/ unique repeatable peptides) در رقم متحمل، که دارای تغییرات معنادار بیان در مقایسه با رقم حساس بودند تعیین گردیدند. همچنین یافته‌ها نشان داد که از میان این 260 گروه پروتئینی در رقم متحمل ، 142 (55%) گروه افزایش بیان و 118 (45%) گروه کاهش بیان نشان دادند. فعالیت و دومین‌های این پروتئین‌های دارای سطوح بیان معنی‌دار، با استفاده از تجزیه و تحلیل‌های Gene Ontology و InterPro protein domain انجام و نشان داده شد که اکثر این پروتئین‌ها، در گروه‌های پروتئینی مرتبط با سوخت و ساز انرژی، فعالیت‌های فتوسنتزی، مهار گونه‌های فعال اکسیژن، فعالیت کانالی و انتقال مواد، تنظیم کنند‌‌ه‌ی بیان ژن و ترجمه، سوخت و ساز مشتقات قندی و مواد ارگانیک و کاتابولیک قندهای الکلی قرار دارند.                                                                                 </div> <div style="text-align: justify;">Soybean (Glycine Max (L.) Merr), like those maize, wheat, rice and cotton crops, is an important agricultural crop traded in the global commodity markets. the production of soybean has been curtailed by numerous harsh environmental stresses, especially drought, a water deficit state of soil. The isotopic dimethyl labeling was applied to study the proteomic changes associated with the drought responses of two contrasting soybean cultivars. A total of 874 non-redundant and repeatable peptides were identified among 17787 peptides in tolerant cultivar (these peptides changed significantly to compare with sensitive cultivar) by using MS/MS analysis which corresponding to 260 of protein groups. Among these 260 protein groups, there were 142 groups being up-regulated in the drought-tolerant cultivar under drought treatment and in contrast, there were 118 groups being down-regulated by drought-tolerant cultivar. InterPro protein domain enrichment and Gene Ontology were performed for functional analysis. According to the results most of these proteins are related to photosynthesis activity, energy metabolism, ROS-scavenging activity, channel and transporter activity, gene expression and translation regulation, Carbohydrate derivative metabolic process, Organic acid and substance metabolic process and sugar alcohols catabolic process.</div> پروتئومیکس, رقم متحمل به خشکی سویا, دومین, نشاندار کردن, Gene Ontology Drought-tolerant cultivar, Gene Ontology, Isotopic dimethyl labeling , ,InterPro protein domain, proteomics 170 180 http://gebsj.ir/browse.php?a_code=A-10-391-1&slc_lang=fa&sid=1 Atieh Moradi عطیه مرادی atieh.moradi@yahoo.com 10031947532846003601 10031947532846003601 No , Institute of Biotechnology, School of Agriculture, Shiraz University, Shiraz, Iran گروه بیوتکنولوژی کشاورزی، پژوهشکده زیست فناوری، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شیراز، ایران Alireza Afsharifar علیرضا افشاریفر afshari@shirazu.ac.ir 10031947532846003602 10031947532846003602 Yes Plant Virology Research Center, School of Agriculture, Shiraz University, Shiraz, Iran مرکز تحقیقات ویروس شناسی گیاهی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شیراز، ایران Ali Niazi علی نیازی niazi@shirazu.ac.ir 10031947532846003603 10031947532846003603 No Institute of Biotechnology, School of Agriculture, Shiraz University, Shiraz, Iran پژوهشکده زیست فناوری، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شیراز