OTHERS_CITABLE مطالعه شبکه ژنی موثر بر رشد ماهیچه سینه جوجه راس تحت داده‌های RNA-Seq جوجه های بومی جز مهم‌ترین ذخایر ژنتیکی هستند که به شرایط محیطی بخوبی سازگاری یافته‌اند. اما بطور معمول سرعت رشد و راندمان غذایی آنها در مقایسه با جوجه‌های امروزی مناسب است. مطالعات مقایسه‌ای بین جوجه‌های امروزی و مرغان بومی امکان درک علل این تفاوت‌های ژنتیکی را مهیا می‌سازد. جهت بررسی تفاوت‌های ترانسکریپتومی ژن‌ها و مسیرهای بیولوژیکی مرتبط با رشد ماهیچه سینه در دو گروه مرغ بومی و جوجه تجاری از مطالعات ژنومی تکنولوژی‌های توالی‌یابی نسل آینده استفاده شد. در این پژوهش تعداد 200 قطعه پرنده از سویه راس 708 و 200 قطعه جوجه بومی اصفهان در یک شرایط مشابه مدیریتی و تغذیه استاندارد پرورش داده شدند. در بررسی تجزیه و تحلیل داده‌هایRNA-Seq  بین دو گروه آزمایشی، پروفایل بیان ژن در 4 نمونه ماهیچه سینه 28 روزگی عمر جوجه‌ها مورد مقایسه قرار گرفت. مقایسه آماری بیان ژن‌های توالی‌یابی شده در این دو گروه، 606 ژن با تفاوت معنی‌دار را مشخص کرد. در جوجه تجاری از این تعداد 357 ژن افزایش بیان و 249 ژن کاهش بیان نشان دادند. شبکه برهم کنش پروتئین- پروتئین (Protein-protein interaction) با استفاده از 267 ژن تشکیل و از این تعداد 75 ژن در قالب سه ماژول با حداکثر سطح معنی‌داری شناسایی شد. بررسی‌های هستی شناسی ژنی نشان داد هر سه ماژول در رشد ونموی ماهیچه سینه نقش موثری را ایفا کرده و ژن‌های شاخص آن‌ها JUN، EGR1، THBS1، ITGA4 و ACTA2 بودند.   http://gebsj.ir/article-1-211-fa.pdf 2018-03-06 189 203 جوجه راس شبکه ژنی میوژن هستی شناسی ژن RNA-Seq Study of the genetic network that affecting the growth of breast muscle in Ross chickens under RNA-Seq data Native chicken breeds are important genetic resource and well adapted to the local environmental conditions. However, growth rate and feed efficiency of these breeds are not appropriate. Comparative studies of commercial and native chickens provide an opportunity to characterize the biological basis of differences between them. Here, RNA-Seq technology was used to investigate differences in the transcriptomes of breast muscle-related genes and associated pathways between Ross and Isfahani's native breed. In this study, 200 birds of the Ross 708 strain and 200 native chicks of Isfahani native were reared in a similar standard management and feeding manner. We extracted total RNA from two native and two commercial breast muscle samples of the 28 days old chickens. Compared with native breed, 606 significantly DEGs (differentially expressed genes) (357 up regulated and 249 down-regulated, P-adjusted ≤ 0.05) were obtained in commercial breed. PPI (Protein-protein interaction) network of DEGs (up regulated in commercial) was constructed and 267 genes were included in the resulted PPI network of which 75 genes were identified in the form of three modules with a maximum level of significance. Gene ontology studies showed that all three modules played an effective role in the growth of breast muscle and their hub genes with maximum degree were JUN, EGR1, THBS1, ITGA4 and ACTA2.   http://gebsj.ir/article-1-211-en.pdf 2018-03-06 189 203 Ross chicken Gene network Myogenic Gene Ontology RNA-Seq Seyed Nader Albooshoke albooshoke@mail.um.ac.ir 1 Ferdowsi University of Mashhad, Mashhad ,Iran AUTHOR Mojtaba Tahmoorespur Tahmoores@um.ac.ir 2 Department of Animal Science and, Ferdowsi University of Mashhad, Mashhad, Iran, AUTHOR MohammadReza Bakhtiarizadeh mrbakhtiari@ut.ac.ir 3 Department of Animal Science, College of Agriculture and Natural Resources, University of Tehran, College of Aburaihan, Iran AUTHOR MohammadReza Nassiri nassiryr@um.ac.ir 4 Department of Animal Science and Institute of biotechnology, Ferdowsi University of Mashhad, Mashhad, Iran, AUTHOR Saeid Esmaeikhanian s.smailkhanian@areeo.ac.ir 5 Animal Science Research Institute of Iran, Agricultural Research, Education and Extension Organization (AREEO), Karaj, Iran AUTHOR
OTHERS_CITABLE بررسی توان تثبیت نیتروژن در اندوفیت های باکتریایی و قارچی جدا شده از گرهک‌های ریشه درختان توسکا و سنجد نیتروژن یکی از مهمترین عناصر مورد نیاز گیاهان می ­باشد، اما گیاهان قادر به احیای نیتروژن اتمسفر به آمونیاک و استفاده از آن به طور مستقیم برای رشد نیستند. میکروارگانیسم ­های تثبیت کننده نیتروژن با فرآیند تثبیت نیتروژن، نیتروژن مورد نیاز را به صورت قابل مصرف در اختیار گیاه قرار می­دهند و نقش مهمی در حاصلخیزی خاک دارند. هدف از این مطالعه بررسی تثبیت نیتروژن در میکروارگانیسم ­های اندوفیت جدا شده از گرهک‌های ریشه درختان توسکا (Alnus subcordata) و سنجد (Elaeagnus angustifolia) در استان گلستان بود. تعداد 50 نمونه گرهک جمع ­آوری و پس از شستشو در محیط کشت فاقد نیتروژن کشت داده شد. شناسایی میکروارگانیسم ­ها با استفاده از تست­ های بیوشیمایی و مولکولی انجام گرفت. همچنین تثبیت نیتروژن جدایه ­ها با استفاده از روش احیای استیلن با کروماتوگرافی گازی (GC) ارزیابی شد. اندوفیت ­های Streptomyces badius strain BL225، Cladosporium cladosporioides strain F1 ، Actinomadura citrae strain DSM 43461 و Cryptococcus victoriae strain p41A001 شناسایی شدند که از این بین Cladosporium cladosporioides strain F1 و Cryptococcus victoria strain p41A001 قابلیت تثبیت نیتروژن را داشتند. گرهک­ های ریشه درختان توسکا و سنجد دارای اندوفیت ­هایی هستند که نیتروژن را تثبیت می­ کنند؛ این میکروارگانیسم ­ها کاندیدهای مناسبی به عنوان عوامل بیوکنترل در کشاورزی هستند. http://gebsj.ir/article-1-210-fa.pdf 2018-03-06 205 212 اندوفیت تثبیت نیتروژن کروماتوگرافی گازی توسکا سنجد Survey of nitrogen fixation on endophytes isolated from root nodules of alder and service Nitrogen is one of the most important elements needed by plants, but plants are unable to reduce atmospheric nitrogen into ammonia and use it directly for its growth. Nitrogen fixing microorganisms, with the process of nitrogen fixation, provide the nitrogen required for plant utilization and play an important role in soil fertilization. The aim of this study was to evaluate nitrogen fixation in endophytic microorganisms isolated from root nodules of alder (Alnus subcordata) and Russian olive (Elaeagnus angustifolia) in Golestan province. A total of 50 nodule specimens were collected and cultured on nitrogen-free medium. Microorganisms were identified using biochemical and molecular tests. Nitrogen fixation of isolates was also evaluated using acetylene reduction and gas chromatography (GC). The two genera of Streptomyces badius strain BL225 and Actinomadura citrae strain DSM 43461 were identified as endophytic actinobacteria, Cladosporium cladosporioides strain F1 and Cryptococcus victoriae strain p41A001 were found as Ascomycota and Basidiomycota phyla of fungal endophytes, respectively. Cladosporium cladosporioides strain F1 and Cryptococcus victoria strain p41A001 had a high ability in nitrogen fixation. The root nodules of alder (A. subcordata) and Russian olive (E. angustifolia) carry the endophytic microorganisms with nitrogen fixation ability, therefore, the endophytes can be used as biocontrol agents in agriculture.   http://gebsj.ir/article-1-210-en.pdf 2018-03-06 205 212 endophyte nitrogen fixation gas chromatography alder Russian olive Mohammad Esmaei Tajari esmaeil.tajari@yahoo.com 1 Department of Microbiology, Faculty of Basic Sciences, Islamic Azad University, Damghan Branch, Semnan, Iran. AUTHOR Hanieh Asaadi hanie.asaadi@yahoo.com 2 Department of Microbiology and Parasitology, Faculty of Medicine, Bushehr University of Medical Sciences, Bushehr, Iran. AUTHOR Hamidreza Pordeli pordeli.hr@yahoo.com 3 Department of Biology, Faculty of Basic Sciences, Islamic Azad University, Gorgan, Iran. AUTHOR Reza Najafpour najafpour.r62@gmail.com 4 Department of Microbiology, Faculty of Basic Sciences, Islamic Azad University, Qom Branch, Qom, Iran. AUTHOR Sajjad Yazdansetad sajjad.yazdansetad@gmail.com 5 Department of Microbiology, School of Medicine, Golestan University of Medical Sciences, Gorgan, Iran. AUTHOR
OTHERS_CITABLE بیان ژن بتا (1-3)(1-4)گلوکاناز درباکتری Lactococcus lactis با هدف تولید غذای پروبیوتیک دام پروبیوتیک‌ها میکروارگانیسم‌های غیربیماریزا و بی‌ضرری هستند که در روده انسان و حیوانات وجود دارند. این میکروارگانیسم‌ها نه‌تنها ایجاد بیماری نمی‌کنند، بلکه اثرات بسیار مطلوبی بر عملکرد و سلامت دام و طیور دارند. Lactococcus lactis  گونه‌ای از این باکتری‌ها است که به عنوان کاندیدی برای تولید پروتئین‌های مفید بیولوژیکی انتخاب شده است. آنزیم‌ لیکیناز، نوعی بتاگلوکاناز است که بتا (1-3) (1-4)گلوکان‌ها (لیکینان‌ها) را هیدرولیز می‌کند. لیکینان‌ها ترکیبات پلی‌ساکاریدی در دیواره‌ سلول‌های گیاهان عالی خانواده پواسه هستند که ظاهرا منحصر به دیواره سلولی اندوسپرم گرامینه‌ها همچون جو، چاودار، سورگوم، برنج و گندم می‌باشند. هدف از این مطالعه بیان ژن لیکیناز در باکتری پروبیوتیک لاکتوکوکوس لاکتیس و تولید ترشحی این آنزیم به منظور دستیابی به مکمل غذایی برای طیور است که توانایی تجزیه بتاگلوکان جو را برای دستگاه گوارش طیور ایجاد کند. این امر امکان جایگزینی جو بجای ذرت در جیره غذایی طیور را فراهم می‌سازد. برای دستیابی به این منظور ژن licBM2 کد کننده‌ی آنزیم بتا (1-3) (1-4) گلوکاناز به همراه سیگنال پپتید ترشحی و هضم آنزیمی در پلاسمید pNZ8149 کلون گردید.  انتقال پلاسمید نوترکیب به باکتری لاکتوکوکوس لاکتیس با روش الکتروپوریشن صورت گرفته و  غربالگری کلنی‌های ترانسفرم شده توسط توانایی رشد باکتری بر محیط انتخابی لاکتوز انجام شد. القای بیان ژن بوسیله‌ی القاگر نیسین صورت گرفت و بررسی میزان بیان ژن با اندازه‌گیری فعالیت آنزیمی پروتئین نوترکیب مطالعه شد. با افزایش زمان القاء بیان ژن و میزان آنزیم تولید شده و فعالیت حاصل از آن افزایش می‌یابد. دستاورد این مطالعه کلون سازی و بیان موفق ژن licBM2 در باکتری گرم مثبت لاکتوکوکوس لاکتیس و تولید پروبیوتیک با پروتئین نوترکیب می‌باشد. http://gebsj.ir/article-1-115-fa.pdf 2018-03-06 213 221 بتاگلوکاناز پروبیوتیک تغذیه طیور لاکتوکوکوس لاکتیس Expression of β (1-3)(1-4) glucanase gene in Lactococcus lactis to produce an animal probiotic feed Probiotics are bacteria with beneficial effects to humans and animals. Gram-positive Lactococcus lactis can be genetically engineered to efficiently produce a large variety of proteins. Glucanase enzymes, are capable to hydrolyze β-glucans (a non-starch polysaccharide). β(1,3)-(1,4) glucan (Lechinan) is a characteristic hemicellulose in primary cell walls of grasses such as barley, rye, sorghum, rice and wheat. The purpose of this study is to express the lechinase enzyme in Lactococcus lactis to achieve a feed supplement for hydrolyzation of barley β-glucan to replace corn by barley in poultry diets. licBM2 gene encoding lechinas enzyme with a secretion signal peptide was cloned in pNZ8149 plasmid. Then recombinant plasmids were transferred to Lactococcus lactis using electroporation method and the transformed colonies were selected via their ability to grow on lactose containing medium. The expression of transgene was induced using of Nisin in the medium.  Our results showed that by increasing of the induction time, the expression of lechinase gene and consequently the production of enzyme in the medium were increased.   http://gebsj.ir/article-1-115-en.pdf 2018-03-06 213 221 Lactococcus lactis probiotic β-glucanase Poultry Nutrition Marzieh Mohamadkhani mrz.mohamadkhani@gmail.com 1 Department of Plant Breeding & biotechnology, Shahrekord University AUTHOR Neda Mirakhorli nedamirakhorli@yahoo.com 2 Department of Plant Breeding & biotechnology, Shahrekord University AUTHOR Rahman Emamzadeh 3 Department of Biology, Faculty of Sience, Isfahan University AUTHOR fariborz Khajali khajali@gmail.com 4 Department of Poultry Nutrition of Shahrekord University. Iran AUTHOR
OTHERS_CITABLE بررسی بیان ژن های آنتی اکسیدانت در بوته های گوجه فرنگی مایه زنی شده با ویروس موزاییک خیار پس از تیمار با اسید سالیسیلیک و اسید جاسمونیک ویروس موزاییک خیار (Cucumber Mosaic Virus, CMV) یکی از مهم­ترین ویروس­ های گوجه ­فرنگی است که موجب کاهش عملکرد محصول می­ شود. در این تحقیق، نقش اسید سالیسیلیک و اسید جاسمونیک در بیان ژن­ های رمزکنندۀ آنزیم ­های آنتی ­اکسیدانت و القای مقاومت به تنش اکسیداتیو ناشی از مایه ­زنی با ویروس CMV در گوجه­ فرنگی (رقم فلات) بررسی گردید. نتایج نشان داد که در گیاهان شاهد، بیان ژن­ های رمزکننده آنزیم ­های کاتالاز (CAT) و پراکسیداز (POX) تا روز پانزدهم پس از نشا روند نزولی داشت، ولی در مورد ژن رمز کننده آنزیم سوپراکسید دیسمیوتاز (SOD) در روز پانزدهم اندکی افزایش بیان مشاهده شد. در گیاهان مایه ­زنی شده با CMV، ژن CAT کاهش بیان نشان داد، ولی ژن POX تا روز هشتم افزایش بیان شد. در مورد ژن SOD نیز در تیمارهای مایه ­زنی شده با CMV روند افزایشی تا روز پانزدهم ادامه یافت. بیشترین میزان بیان ژن POX در روز پانزدهم نمونه­ برداری در تیمار کاربرد توام SA و JA دیده شد که 120 درصد افزایش نسبت به زمان قبل از اعمال هورمون نشان داد. کاربرد هورمون ­ها، شدت بیماری و علایم آن را تا 80 درصد کاهش داد. نقش آنزیم پراکسیداز در گوجه­ فرنگی رقم فلات در پاکسازی رادیکال H2O2 بیشتر از نقش کاتالاز بود و به نظر می ­رسد که برای القای مقاومت به CMV می­ توان از هورمون­ های SA و JA قبل از آلودگی ویروسی استفاده کرد.   http://gebsj.ir/article-1-204-fa.pdf 2018-03-06 223 235 تنش اکسیداتیو تنش زیستی ویروس گوجه فرنگی هورمون Real- time PCR Evaluation of antioxidant gene expression in tomato plants inoculated by Cucumber mosaic virus after treatment with salicylic and jasmonic acids Cucumber mosaic virus (CMV) is one of the most important viruses which causes yield reduction in tomato. In this experiment, the role of salicylic and jasmonic acids was investigated in the gene expression of antioxidant enzymes and induction of resistance to oxidative stress due to CMV inoculation in tomato (Falat cultivar). Results showed that in control plants expression of genes encoding catalase (CAT) and peroxidase (POX) enzymes gradually decreased to 15 days post inoculation (dpi), but expression of superoxide dismutase encoding gene (SOD) was increased at 15 dpi. In CMV inoculated plants, CAT gene was down-regulated, but POX gene was up-regulated to 8 dpi. SOD gene expression also increased in CMV inoculated plants to 15 dpi. The highest expression rate of POX observed at 15 dpi in SA+JA treated plants which was 120% greater than before hormone application. Hormone application decreased the disease severity and symptoms to 80%. In Falat cultivar, peroxidase role in scavenging of H2O2 was greater than catalase and in order to inducing resistance, we can use SA and JA just before virus infection.   http://gebsj.ir/article-1-204-en.pdf 2018-03-06 223 235 oxidative stress biotic stress virus tomato Real time PCR disease index Sahar Gholi-Tolouie Tolouie.s@gmail.com 1 Department of Plant Protection, Faculty of Agriculture, University of Tabriz, Iran AUTHOR Nemat Sokhandan-Bashir sokhandan@tabrizu.ac.ir 2 Department of Plant Protection, Faculty of Agriculture, University of Tabriz, Iran AUTHOR Mahdi Davari mdavari@uma.ac.ir 3 Department of Plant Protection, Faculty of Agriculture and Natural Resources, University of Mohaghegh Ardabili, Iran AUTHOR m_sedghi@uma.ac.ir 4 Department of Agronomy and Plant Breeding, Faculty of Agriculture and Natural Resources, University of Mohaghegh Ardabili, Iran AUTHOR
OTHERS_CITABLE همسانه‌سازی مولکولی و بیان ژن سوماتومدین C در سیستم باکتریایی سیستم­ های باکتریایی، به ویژه باکتری اشرشیا کولی، با توجه به مزیت هایی از قبیل هزینه پایین، سهولت کشت و سرعت رشد بالا به عنوان­­ اصلی­ ترین سیستم بیان پروتئین ­های دارویی نوترکیب به شمار می ­روند. در این پژوهش، از این سیستم برای بیان ژن سوماتومدین C به عنوان یک فاکتور ارزشمند رشد انسانی استفاده شد. cDNA این ژن پس از تهیه و تکثیر، با استفاده از آنزیم ­های برشی NdeI و BamHI داخل ناقل بیانی همسانه ­سازی شد. نتیجه این همسانه ­سازی، تولید ناقل نوترکیبی بود که در آن ژن سوماتومدین C تحت کنترل پیشبر القایی T7 قرار گرفت. ناقل نوترکیب حاصل به سلول­ های باکتری E. coli انتقال داده شد و بیان پروتئین تحث تاثیر القا بوسیله غلظت­ های یک مولار IPTG مورد ارزیابی قرار گرفت. نتیجه نشان داد که القای باکتری­ های تراریخت به مدت 22 ساعت در دمای 25 درجه سانتی­گراد منجر به تولید مقادیر قابل توجه از این پروتئین انسانی نوترکیب در باکتری می­ شود.   http://gebsj.ir/article-1-202-fa.pdf 2018-03-06 237 244 داورهای نوترکیب سوماتومدین C فاکتور رشدی شبه انسولین سیستم باکتریایی Molecular cloning and expression of Somatomedin C in bacterial system Because of several advantages such as low cost, simple culture, and high growth rate, bacterial systems, in particular Escherichia coli, are the main expression system for production of recombinant pharmaceutical proteins. In this research, we used this system to produce a valuable human growth factor, somatomedin C. cDNA of this gene was prepared and cloned into an expression vector using NdeI and BamHI restriction sites. The cloning process resulted in the generation of a recombinant vector in which the somatomedin cDNA was placed under control of the T7 inducible promoter. This recombinant vector was introduced into the E. coli and the protein expression was evaluated following induction with 1 M IPTG solution. The results showed that transgenic bacteria produce noticeable amount of human protein after 22 hrs induction at 25 degree centigrade.   http://gebsj.ir/article-1-202-en.pdf 2018-03-06 237 244 Recombinant pharmaceuticals Somatomedin C Insulin-like growth factor Bacterial system Neda Hassanpor neda_hassanpour@yahoo.com 1 Department of Biotechnology, Faculty of Agriculture, Azarbaijan Shahid Madani University, Tabriz, Iran AUTHOR Mohammad Ahmadabadi ahmadabadiir@yahoo.com 2 Department of Biotechnology, Faculty of Agriculture, Azarbaijan Shahid Madani University, Tabriz, Iran AUTHOR Mohammad Pazhang pazhang@azaruniv.edu 3 Department of Biology, Faculty of Science, Azarbaijan Shahid Madani University, Tabriz, Iran AUTHOR
OTHERS_CITABLE ریزازدیادی گیاه دارویی استویا (Stevia rebaudiana) از طریق پرآوری رأس شاخه استویا (Stevia rebaudiana) گیاه دارویی مهم، فاقد کالری با طعم شیرین و مفید برای بیماران دیابتی می باشد. به ­منظور بهینه ­سازی ریزازدیادی این گیاه سه آزمایش به ­صورت فاکتوریل در قالب طرح کاملاً تصادفی در سه تکرار طراحی شد. ریزنمونه­ های رأس شاخه در محیط کشت MS غنی ­شده با Kin (0، 1 و 2 میلی ­گرم در لیتر) + IAA (0، 5/0، 1 و 5/1 میلی­ گرم در لیتر) (آزمایش 1)، Kin (3 و 4 میلی­ گرم در لیتر) + IAA (5/0، 1 و 5/1 میلی ­گرم در لیتر) (آزمایش 2) و BAP (0، 1، 2، 3 و 4 میلی­ گرم در لیتر) + IBA (0، 5/0، 1 و 5/1 میلی­گرم در لیتر) (آزمایش 3) کشت شدند. با افزایش غلظت Kin در محیط کشت تعداد شاخه ­ها افزایش یافت و در آزمایش 2، محیط کشت MS غنی­ شده با 4 میلی ­گرم در لیتر Kin + 5/0 میلی­گرم در لیتر IAA بیشترین تعداد شاخه (با میانگین 7 شاخه به ازای هر ریزنمونه) را تولید کرد. با­ وجود این، بهترین نتیجه پرآوری رأس شاخه در آزمایش 3 از محیط کشت MS حاوی 2 میلی­ گرم در لیتر BAP + 5/1 میلی ­گرم در لیتر IBA (با میانگین 9 شاخه به ازای هر ریزنمونه) به ­دست آمد. افزایش غلظت BAP از 2 میلی ­گرم در لیتر منجر به کاهش معنی­ دار در تعداد و طول شاخه ­ها و کیفیت گیاهچه ها و افزایش کالوس ­زایی گردید. علاوه ­بر این، نگهداری ریزنمونه ­های کشت­ شده به مدت دو ماه در اتاقک رشد به­ طور چشمگیری تعداد شاخه ­ها را افزایش داد. بیشترین ریشه ­زایی نوشاخه ­­های نمو یافته از محیط کشت MS حاوی 1 میلی­ گرم در لیتر IBA به­ دست آمد. گیاهچه ­های ریشه ­دار شده در اتاقک رشد سازگار شدند و با موفقیت بالا در خاک مستقر شدند.   http://gebsj.ir/article-1-206-fa.pdf 2018-03-06 245 256 تنظیم‌کننده‌های رشد رأس شاخه ریزازدیادی ریشه‌زایی سازگاری Micropropagation Stevia Medicinal Plant (Stevia rebaudiana) Using Proliferation of Shoot Tip Stevia rebaudiana is a medicinally important plant, free-calorie with sweet test and beneficial for diabetic patient. In order to optimization of the micropropagation of this plant, three experiments were conducted by factorial experiment based on completely randomized design (CRD) with three replications. Shoot tip explants were cultured on MS media supplemented with Kin (0, 1 & 2 mg/l) + IAA (0, 0.5, 1 & 1.5 mg/l) (test 1), Kin (3 & 4 mg/l) with IAA (0.5, 1 & 1.5 mg/l) (test 2) and BAP (0, 1, 2, 3 & 4 mg/l) + IBA (0, 0.5, 1 & 1.5 mg/l) (test 3). The shoot number increased with increasing concentrations of Kin in media and in second experiment, the highest shoot number was produced in MS medium supplemented with 4 mg/l Kin + 0.5 mg/l IAA (with an average of 7 shoots per explant). However, the best result of micropropagation was obtained from MS medium containing 2 mg/l BAP + 1.5 mg/l IBA in test 3 (ith an average of 9 shoots per explant). Also, increasing BAP concentrations from 2 mg/l resulted to a significant reduction in shoot number and shoot length and quality of plantlets as well as increase in callusing. In addition, shoot number was dramatically increased by incubation the cultured explants in culture room for two months. The maximum rooting of developed shootlets was achieved from MS medium supplemented with1 mg/l IBA. The rooted plantlets were hardened in culture room and with high successfully established in soil.    http://gebsj.ir/article-1-206-en.pdf 2018-03-06 245 256 Hardening Micropropagation Plant growth regulators Rooting Shoot-tip Mahsa Zarei mahsa.zarei1370@gmail.com 1 Department of Agronomy & Plant Breeding, Faculty of Agriculture and Natural Resources, University of Mohaghegh Ardabili AUTHOR Sara Dezhsetan sdezhsetan@uma.ac.ir 2 Department of Agronomy & Plant Breeding, Faculty of Agriculture and Natural Resources, University of Mohaghegh Ardabili AUTHOR Mahdi Behnamian mbehnamian@uma.ac.ir 3 Department of Horticultural Sciences, Faculty of Agriculture and Natural Resources, University of Mohaghegh Ardabili AUTHOR
OTHERS_CITABLE بررسی اثر سرب و کادمیوم بر رشد و فعالیت برخی آنزیم های اسفناج در شرایط کشت درون شیشه ای به منظور بررسی تاثیر غلظت ­های مختلف عنصرهای سرب و کادمیوم (صفر، 1، 2، 3 و 4 میلی­ گرم در لیتر)،  بر رشد، فعالیت آنزیمی و قابلیت جذب عناصر سرب و کادمیوم در گیاه اسفناج آزمایشی در قالب طرح کاملآ تصادفی با سه تکرار اجرا شد. 40 روز بعد از کاشت بذرها در محیط کشت MS صفات مورد ارزیابی قرار گرفت. بالاترین میزان تجمع مالون دی آلدئید، پراکسید هیدروژن، غلظت کادمیوم ریشه و برگ در تیمارهای 3 و 4 میلی­ گرم در لیتر کادمیوم مشاهده شد. بیشترین میزان فعالیت کاتالاز و سوپراکسید دسموتاز به ترتیب در غلظت 4 میلی­ گرم در لیتر و تیمار صفر کادمیوم ثبت شد. بالاترین تعداد و عرض برگ در تیمار شاهد سرب و کادمیوم مشاهده شد. با افزایش غلظت سرب محیط کشت به 4 میلی ­گرم در لیتر بر محتوای آنزیم ­های مالون دی آلدئید، کاتالاز، سوپر اکسید دسموتاز و پراکسید هیدروژن افزوده شد. بیشترین تجمع سرب در غلظت 4 میلی­ گرم در لیتر سرب در برگ و ریشه مشاهده گردید. نتایج حاصل از فاکتور غلظت زیستی نشان داد که اسفناج از گیاهان انباشت ­گر کادمیوم و سرب می­ باشد و در مناطقی که احتمال آلودگی به این عنصر وجود دارد می­توان از اسفناج برای پالایش سبز خاک استفاده نمود.   http://gebsj.ir/article-1-178-fa.pdf 2018-03-06 257 268 اسفناج آنزیم سرب کادمیوم Study of the effects of lead and cadmium on growth and enzymatic activity of Spinacia oleracea in in vitro condition This experiment was conducted to evaluate the effects of different concentrations (0, 1, 2, 3 and 4 mg L-1) of lead (Pb) and cadmium (Cd) in vitro on the growth characteristics, enzymatic activity and Pb and Cd compositional content of Spinacia oleracea as CRD with three replications. The seeds were cultivated on MS medium and the traits were measured after 40 days. The results revealed that the highest malondialdehyde, H2O2 and the highest Cd content in leaves and roots were observed with 3 and 4 mg L-1 Cd treatments. The greatest data for catalase and SOD were recorded with four mg L-1 Cd and control plants, respectively. The highest data for the leaves number and width was recorded in control plants not receiving Cd and Pb treatments. The results also showed that with any increase in Pb treatment levels, the amounts of MDA, CAT, SOD and H2O2 were increased, correspondingly. The highest lead content was measured in the leaves and roots of plants treated with 4 mgL-1 of Pb. The results for bio-concentration factor showed that spinach could be considered as an excellent candidate for the phytoremediation of both Cd and Pb.   http://gebsj.ir/article-1-178-en.pdf 2018-03-06 257 268 Spinacia oleracea enzyme Cadmium Lead Rana Valizadeh Kamran rana.valizadeh@gmail.com 1 Department of Agricultural Biotechnology, Azarbaijan Shahid Madani University, Tabriz, Iran AUTHOR Lamia Vojodi Mehrabani vojodilamia@gmail.com 2 Department of Agronomy and Plant Breeding, Azarbaijan Shahid Madani University, Tabriz, Iran AUTHOR Mohamm Bagher Hassanpouraghdam 3 Department of Horticulture, University of Maragheh, Iran AUTHOR
OTHERS_CITABLE بهینه‌سازی عوامل مؤثر بر انتقال ژن بتا-گلوکورونیداز(GUS) به‌واسطه اگروباکتریوم در گیاه دارویی زنیان (Trachyspermum ammi) زنیان یکی از مهم‌ترین گیاهان دارویی ایران است. این گیاه حاوی خاصیت‌های دارویی بسیار مهمی از جمله ضد اختلالات گوارشی، ضد اسپاسم و تسکین دردهای روماتیسمی است. به‌منظور فرابیان بعضی از مواد مؤثره در این گیاه لازم است فرآیند انتقال ژن در آن بهینه شود. بدین‌منظور ریزنمونه هیپوکوتیل، دو سویه Agrobacterium tomefaciens به همراه فاکتورهای اندازه‌گیری شامل مدت زمان تلقیح (5، 10، 15، 20 دقیقه) و طول دوره هم‌کشتی (1، 2 و 3 روز) بررسی شدند. در این تحقیق از وکتور pBI121 حاوی ژن GUS به‌عنوان گزارشگر و ژن nptII به‌عنوان نشانگر گیاهی استفاده شد. به منظور تأیید انتقال ژن از واکنش زنجیره‌ای پلیمراز (PCR)، آزمون هسیتو‌شیمیایی GUS و RT-PCR استفاده شد. بر طبق نتایج حاصل، زمان تلقیح 5 دقیقه و طول هم‌کشتی یک روز منجر به افزایش کارآیی انتقال ژن شد. ضمن اینکه سویه LBA4404 کارآیی بالاتری نسبت به GV3101 برای انتقال ژن از خود نشان داد. برای نخستین بار، مطالعه حاضر روش مؤثر و کارآیی را برای انتقال ژن به گیاه دارویی زنیان ارائه می‌دهد که می‌تواند به‌عنوان یک روش کارآ در انتقال ژن مورد استفاده قرار گیرد.    http://gebsj.ir/article-1-219-fa.pdf 2018-09-06 269 279 اگروباکتریوم هیپوکوتیل ژن گزارشگر زنیان هم کشتی Optimization of effective factors on β-glucuronidase (GUS) gene transformation by Agrobacterium to Trachyspermum ammi Trachyspermum ammi is one of the most important medicinal herbs in Iran. This plant contains important medicinal properties, including anti-digestive, antispasmodic and relieving rheumatic pains and has been used as a spice and food preservative. To overexpress some effective ingredients in this plant, it is necessary to optimize the gene transfer process. For this purpose, the explants of hypocotyl, two strains of Agrobacterium tumefaciens were studied along with factors such an inoculation times (5, 10, 15, 20 min) co-cultivation times (1, 2 and 3 days). In this study, pBI121 vector harboring GUS as the reporter gene, and nptII gene as the plant selected marker were used. To confirm the gene transfer, PCR, histochemical GUS staining and RT-PCR tests were used. According to the results, the time of inoculation of 5 minute and the time of one day for co- cultivation increased the efficiency of gene transfer. Both bacterial strains showed a relatively good performance in gene transfer, but the LBA4404 strain showed higher efficacy than GV3101. In this study, 25 mg/L of kanamycin was selected as the appropriate concentration for determining the probable transgenic plant by Agrobacterium. For the first time, the present study presents an effective and efficient method for gene transfer to Trachyspermu ammi that can be effectively used for gene transfer. http://gebsj.ir/article-1-219-en.pdf 2018-09-06 269 279 Agrobacterium Hypocotyl Reporter gene Trachyspermum Co-cultivation Masoumeh Nomani m_nomani@ut.ac.ir 1 Department of Agronomy and Plant breeding, College of Aburaihan, University of Tehran, Tehran, Iran AUTHOR Seyed Ahmad Sadat Noori noori@ut.ac.ir 2 Department of Agronomy and Plant breeding, College of Aburaihan, University of Tehran, Tehran, Iran AUTHOR Masoud Tohidfar m_tohidfar@sbu.ac.ir 3 Department of Biotechnology – College of Life Science and Biotechnology - Shahid Beheshti University, Tehran, Iran AUTHOR ramshini_h@ut.ac.ir 4 Department of Agronomy and Plant breeding, College of Aburaihan, University of Tehran, Tehran, Iran AUTHOR
OTHERS_CITABLE اثر تنش شوری بر بیان نسبی ژن های کاتالاز و آسکوربات پراکسیداز و برخی صفات فیزیولوژیکی در دو رقم گوجه‌فرنگی تنش شوری یکی از محدودیت کشت گوجه فرنگی است و شناسایی ارقام مقاوم آن نیازمند بررسی برخی صفات فیزیولوژیکی و مولکولی است. بررسی صفت مولکولی میزان بیان نسبی ژن کاتالاز (Catalase: CAT1) و آسکوربات­پراکسیداز (Ascorbate Peroxidase: APX1) در دو رقم فلات سی­اچ ((CH-Falat و ریوگراند­اس (Rio Grande S) گیاه گوجه­ فرنگی (Solanum lycopersicum L.) تحت تیمارهای شوری در قالب طرح بلوک­های کامل تصادفی انجام شد. تنش شوری با غلظت­های صفر، 25، 50، 75 و 100 میلی ­مولار NaCl در محیط کشت هیدروپونیک اعمال شد. RNA گیاهان استخراج و cDNA سنتز شد و Real – Time PCR انجام گرفت. نتایج نشان داد که بیان نسبی ژن CAT1 در رقم Rio Grande S در همه سطوح تنش و در رقم CH-Falat فقط تا سطح شوری 50 میلی­مولار افزایش یافت. بیان نسبی ژن APX1 در رقم Rio Grande S تا سطح شوری 50 میلی­ مولار کاهش و در سطح شوری 75 و 100 میلی­ مولار افزایش یافت و در رقم CH-Falat فقط تا سطح شوری 50 میلی­ مولار افزایش داشت. برخی صفات فیزیولوژیکی در تیمارهای شوری نیز مورد بررسی قرار گرفت و نتایج نشان داد که در هر دو رقم با افزایش غلظت NaCl از صفر تا 100 میلی ­مولار مقدار سدیم، پرولین و قندهای محلول افزایش و مقدار پتاسیم و K/Na کاهش یافت و میزان شاخص پایداری غشا در تیمارهای شوری نسبت به شاهد کاهش نشان داد. نتایج بررسی مولکولی و فیزیولوژیکی این دو رقم به ما نشان داد که رقم Rio Grande S نسبت به رقم CH-Falat در سطوح شوری بالا، رقم مقاوم ­تری است. http://gebsj.ir/article-1-260-fa.pdf 2017-12-13 281 292 گوجه فرنگی تنش شوری qPCR CAT1 APX1 The effect of salt stress on the relative expression of CAT1 and ASX1 genes and some physiological traits in two varieties of tomato In this research, in order to study some physiological and molecular traits such as the expression level of Catalase (CAT1) and Ascorbate Peroxidase (APX1) genes in two, CH-Falat and Rio Grande-S, varieties of tomato plant (Solanum lycopersicum L.), an experiment was designed in randomized complete block design. Salinity with the concentration of 0, 25, 50, 75 and 100 mM NaCl was applied in hydroponic culture. Plants RNA was extracted and cDNA was synthesized, then Real–Time PCR was carried out. The results showed that the relative expression of CAT1 has been increased in Rio Grande-S at all levels of salinity and in Falat-CH variety only up to 50 mM NaCl. The relative expression of APX1 has been decreased in Rio Grande-S up to 50 mM of salinity level and has been increased in 75 and 100 mM salinity levels. The relative expression of APX1 in Falat-CH variety has been increased up to 50 mM salinity level. Some physiological traits in salinity treatments were also studied and the results showed that in both varieties, by salinity increase from 0 to 100 mM NaCl, the amount of Na, Prolin, the soluble sugers were increased and the amount of K, and K/Na were decreased. The membrane stability index was decreased in salinity treatments comparing to control. The results of the molecular and physiological analysis showed that Rio Grande S variety in comparison to CH-Falat is more resistant under high level of salinity. http://gebsj.ir/article-1-260-en.pdf 2017-12-13 281 292 Salinity stress Tomato qPCR CAT1 APX1 Samira Sanami 1 Biotechnology Dept., Faculty of Agriculture, Azarbaijan Shahid Madani University, Tabriz, Iran AUTHOR Maghsoud Pazhouhandeh pazhouhandeh@gmail.com 2 Biotechnology Dept., Faculty of Agriculture, Azarbaijan Shahid Madani University, Tabriz, Iran AUTHOR Rana Valizadeh Kamran 3 Biotechnology Dept., Faculty of Agriculture, Azarbaijan Shahid Madani University, Tabriz, Iran AUTHOR Kambiz Azizpour 4 Agronomi Dept., Faculty of Agriculture, Azarbaijan Shahid Madani University, Tabriz, Iran AUTHOR
OTHERS_CITABLE بررسی تاثیر قارچکش ایپرودیون-کاربندازیم (رورال‌ تی ‌اس) بر ساختار جمعیت باکتری‌های ریزوسفر خیار به روش Illumina MiSeq sequencing مطالعه تاثیرات قارچکش‌ها بر جوامع میکروبی ریزوسفر و خاک به دلیل نقش مهم و برجسته میکروارگانیسم‌ها در سلامت گیاه و خاک، بسیار حائز اهمیت است. در این پژوهش، تاثیر قارچکش رورال‌ تی‌ اس بر دینامیک و ساختار جمعیت باکتری‌های ریزوسفر خیار به روش توالی‌یابی نسل بعدی مبتنی بر ژن 16S rRNA (ناحیه V4) با استفاده از روش  Illumina MiSeq sequencing، در سه مرحله رشدی گیاه مورد بررسی قرار گرفت. نتایج نشان داد که از بین 26 شاخه  و 352 جنس باکتریایی شناسایی شده برای 18 نمونه، در مجموع شاخه Proteobacteria و جنس Pseudomonas بیشترین فراوانی را داشتند. کاربرد قارچکش رورال ‌تی ‌اس سبب تغییر در ساختار و دینامیک جمعیت باکتریایی شد؛ کاهش فراوانی نسبی جنس Pseudomonas در مرحله اواسط گلدهی در تیمار قارچکش و مرحله آخر گلدهی در نمونه‌های شاهد مشاهده شد. علاوه بر این، فراوانی نسبی جنس‌هایSphingopyxis ، Sphingobacterium و Chryseobacterim در گیاهان تیمار شده با قارچکش در هر سه مرحله، بیشتر از گیاهان شاهد بود. تجزیه و تحلیل شاخص‌های تنوع نشان داد که در مجموع خاک ریزوسفری گیاهان شاهد از تنوع بیشتری نسبت به خاک ریزوسفری گیاهان تیمار شده با رورال‌تی‌اس برخوردار بودند (شانون=33/5)، ولی از نظر  غنای گونه سهم خاک مربوط به تیمار رورال ‌تی‌اس بیشتر بود (17/2434Chao1=). علاوه بر این، مرحله رشدی گیاه بر تعداد OTU، شاخص تنوع و غنای گونه‌ای (صرفنظر از نوع تیمار)، معنی‌دار بوده و خاک ریزوسفری گیاهان در مرحله قبل از گلدهی از بیشترین تعداد OTU، تنوع و غنا برخوردار می‌باشد.   http://gebsj.ir/article-1-237-fa.pdf 2018-05-21 293 307 اکولوژی میکروبی آفتکش‌های شیمیایی متاژنومیکس Evaluation the effects of fungicide Iprodione-Carbendazim (Rovral TS) on cucumber rhizosphere bacterial structure by Illumina MiSeq sequencing Studying the effects of fungicides on rhizosphere and soil microbial communities is very important due to the critical role of microorganisms in soil and plant health. In this study, the effects of fungicide Rovral TS on dynamic and structure of cucumber rhizospheric bacteria was investigated by Next-Generation Sequencing based on 16S rRNA gene (V4 region) by means of Illumina MiSeq sequencing in three plant growth periods. Results showed that among 26 identified phyla and 352 identified bacterial genera for 18 samples, Proteobacteria and Pseudomonas were most dominate phylum and genus, respectively. Application of Rovral TS was resulted the changes in bacterial structure and dynamic. Decrease of relative abundance of Pseudomonas in middle stage of flowering in fungicide treatment and in the last stage of control treatment was observed. Moreover, the relative abundance of Sphingopyxis, Sphingobacterium and Chryseobacterim in fungicide-treated plants were more than control plant in all three stages. Analysis of diversity indices revealed that diversity in the rhizospheric soil of control plant was more than fungicide-treated plants (shanon=5.33), while species richness in control soil was greater than fungicide treated (Chao1=2324.17). In addition, the effect of plant developing stages on OUT number, diversity and richness indices (regardless type of treatment) was significant and rhizospheric soil belongs to before flowering stages benefit more diversity and richness.    http://gebsj.ir/article-1-237-en.pdf 2018-05-21 293 307 microbial ecology chemical pesticides metagenomics Robab Ezazi r_ezazi66@ut.ac.ir 1 Department of plant protection, College of Agriculture and Natural Resources, University of Tehran AUTHOR Masoud Ahmadzadeh ahmadz@ut.ac.ir 2 Department of plant protection, College of Agriculture and Natural Resources, University of Tehran AUTHOR Mohammad Javan Nikkhah jnikkhah@ut.ac.ir 3 Department of plant protection, College of Agriculture and Natural Resources, University of Tehran AUTHOR Reza Salehi-Mohammadi salehir@ut.ac.ir 4 Department of Horticultural Sciences, College of Agriculture and Natural Resources, University of Tehran AUTHOR Claudio Donati Claudio.donati@fmach.it 5 Computational Biology Unit, Fondazione Edmund Mach, San Michele all’Adige, Trento, Italy AUTHOR
OTHERS_CITABLE طراحی و ساخت وکتور نوترکیب merB به منظور پاکسازی زیستی جیوه آلی متیل جیوه یکی از فرم های پایدار جیوه آلی است که می­ تواند وارد زنجیره غذایی موجودات زنده گردد و خطرات زیست محیطی جبران­ ناپذیری را برای اکوسیستم طبیعی بوجود آورد. پایداری جیوه و هزینه زیاد روش های مرسوم پالایش عوامل نگران کننده ­ای هستند. در این رابطه، روش­ های بیولوژیکی مانند استفاده از بیو­راکتورهای مبتنی بر باکتری ها یا آنزیم ­های آنها بعنوان یکی از روش های میکروب پالایی راه حلی پایدار، کم هزینه و دوست دار محیط زیست ارایه می­ دهد. در این پژوهش ژن merB از باکتری Serratia marcescens مناطق آلوده به جیوه جداسازی شده و سپس جهت کلونینگ در وکتور بیانی، با آنزیم های NcoI / NdeIبرش داده شد و پس از خالص سازی، به وکتور بیانی   pET28a(+) الحاق صورت گرفت. وکتور نوترکیب pET28(a+)-merB به باکتری E.coli  سویه TOP10 منتقل و در آن تکثیر شد. سپس روی کلنی ­های رشد یافته درمحیط گزینشی کانامایسین واکنش زنجیره ای پلیمراز روی کلنی ها صورت گرفت. واکنش زنجیره ای پلیمراز روی پلاسمید با آغازگرهای اختصاصی ژن انجام و پس از تایید با هضم آنزیمی پلاسمید برای تعیین توالی ارسال شد. نتایج به ­دست آمده صحت همسانه­ سازی ژن­ merB را در وکتور بیانی نشان داد. این وکتور نوترکیب به ­منظور بیان پروتئین مورد نظر به باکتری E. coli سویه BL21(DE3) منتقل و بیان پروتئین مورد نظر با کاربرد روش SDS-PAGE تایید شد. در نهایت عملکرد پروتئین MerB در محیط حاوی جیوه بررسی و نتایج بیانگر افزایش مقاومت به جیوه در باکتری­ های نوترکیب به­ دست آمده بود. به کمک این سیستم و با تولید آنزیم MerB می­توان از طریق روش­ های مختلف زیست پالایی اقدام به پاکسازی جیوه از مناطق آلوده نمود. http://gebsj.ir/article-1-158-fa.pdf 2018-03-14 309 319 جیوه ژن کاهنده جیوه آلی وکتور نوترکیب Construction of merB recombinant vector in order to bioremediation of organic mercury Organic mercury is a sustainable form of mercury that enters the food chain of organisms and cause dangerous environmental hazards for natural ecosystem. Mercury stability and high cost conventional refining methods are disturbing factors. In this field, biological methods such as the use of bacteria or enzyme based for microbial remediation provided low-cost strategy and environmental lover of bioremediation. In this research, merB gene isolated from resistance bacteria by PCR technique by specific primers containing NcoI and NdeI restriction sites, so after amplification, it cut with restriction enzymes and after purification of gene, ligation was performed into PET28 a+ expression vector. PET28a+-merB recombinant vector was transferred into E. coli strain TOP10 by heat shock. The recombinant bacteria were selected in kanamycin selective medium. The presence of gene in transformed bacteria was confirmed by PCR on plasmid and by enzymatic digestion. Results confirmed the accuracy of cloning of merB gene into this expression vector. In order to the expresse its protein, the recombinant vector was transferred into E. coli BL21 (DE3). Expression of the protein was confirmed by SDS-PAGE method. Finally, the growth of E.coli strain BL21 containing the recombinant vector with E coli BL21 bacteria including empty vector was measured by adding methyl mercury into the environment during 48 hours. Growth ability of E.coli containing the empty vector indicates lack of bacteria resistance to mercury, on the other hand; merB protein in transformed bacteria increased their resistance to methyl mercury in the environment. Therefore, bioremediation of organic mercury from pollutant environments could be possible by using this methodology.   http://gebsj.ir/article-1-158-en.pdf 2018-03-14 309 319 Organic mercury reducing gene of organic mercury recombinant vector Alireza Tarinejad atarinejad@yahoo.com 1 Department of Agricultural Biotechnology, Azarbaijan Shahid Madani University, Tabriz, Iran. AUTHOR Hamideh Baghi hamideh.baghi@gmail.com 2 Department of Agricultural Biotechnology, Azarbaijan Shahid Madani University, Tabriz, Iran. AUTHOR Maryam Farshbaf Benam maryam_farshbaf@ymail.com 3 Department of Agricultural Biotechnology, Azarbaijan Shahid Madani University, Tabriz, Iran. AUTHOR Mohammad Pazhang mpazhang@yahoo.com 4 Cellular and molecular biology Dept., Basic science Faculty, Azarbaijan Shahid Madani University, Tabriz, Iran AUTHOR
OTHERS_CITABLE ارتباط نشانگرهای پروتئینی با مقاومت به بیماری پژمردگی فوزاریومی در برخی ژنوتیپ‌های عدس به منظور ارزیابی مقاومت به قارچ بیماریزای f.sp. lentis Fusarium oxysporum  در ژنوتیپ­ های مختلف عدس و ارتباط آن با نشانگرهای پروتئینی، پژوهشی گلخانه ­ای و آزمایشگاهی روی 38 ژنوتیپ عدس انجام شد. تجزیه واریانس صفات مورد مطالعه به صورت آزمایش فاکتوریل با دو سطح برای فاکتور A (شرایط بدون بیماری و شرایط آلودگی به بیماری) و 38 سطح (ژنوتیپ) برای فاکتور B، در قالب طرح پایه کاملاً تصادفی با سه تکرار انجام شد. یادداشت‌برداری در هفته چهارم و هشتم پس از مایه‌زنی صورت گرفت که میانگین درصد مرگ و میر بوته‌ها در هفته هشتم بیشتر از هفته چهارم بود. مقایسه میانگین صفات مورد مطالعه با استفاده از روش LSD در سطح احتمال یک درصد نشان داد که میانگین‌های آن‌ها در گروه‌های آماری مختلف قرار دارند. با توجه به نتایج حاصل از تجزیه خوشه‌ای، ژنوتیپ‌های مورد مطالعه به سه گروه مجزا تقسیم شدند که میانگین درصد مرگ و میر متفاوتی داشتند. نتایج حاصل از تجزیه پروتئین­ های محلول در آب و نمک نشان داد که میانگین تنوع ژنتیکی برای تمام مکان­ های ژنی برابر 34/0 و میانگین شاخصشانون 0/5 است. در تکنیکSDS-PAGE  برای پروتئین‌های ذخیره‌ای بذر، ژنوتیپ‌ها در تجزیه خوشه‌ای به سه گروه تقسیم شدند. تجزیه رگرسیون داده‌های حاصل از پروتئین‌های محلول در آب و نمک با صفات مورفولوژیکی نشان داد که ضریب رگرسیون بین صفات درصد مرگ و میر در هفته چهارم و هشتم با نشانگر 12 در سطح احتمال یک درصد معنی ­دار است. نشانگرهای 4 و 12 به دلیل داشتن ارتباط با بیش از یک صفت به عنوان موثرترین نشانگرها شناسایی شدند. به نظر می‌رسد در برنامه‌های اصلاحی برای بررسی مقاومت به این بیماری، علاوه بر در نظر گرفتن صفات مهم مورفولوژیکی، از نشانگرهای پروتئینی نیز می ­توان بهره گرفت.   http://gebsj.ir/article-1-236-fa.pdf 2018-05-13 321 332 پژمردگی فوزاریومی عدس ژنتیک مقاومت نشانگر پروتئینی Fusarium Correlation of protein markers with the resistance to Fusarium wilt in some lentil lines In order to assessing the resistance to Fusarium oxysporum f.sp. Lentis in different genotypes of lentil and its relation to protein markers, a research was programmed using 38 genotypes of lentil in Greenhouse and laboratory conditions. Analysis of studied traits was performed as a factorial experiment with two levels for Factor A (conditions without disease and conditions for disease) and 38 levels (genotypes) for Factor B based on completely randomized design with three replications. Our data showed that the average mortality of plants in the eighth week was more than the fourth week dpi. The mean comparison of studied traits by using LSD test (p=0.01) indicated that they are in different demographic groups. According to the results of cluster analysis, genotypes were divided into three groups, which were differed in the average mortality rate. Analysis of water and salt-soluble proteins showed that the average genetic variation for all loci is 0.5 and the average of Shannon index is 0.34. In the SDS-PAGE analysis for seed storage protein, genotypes were divided into three groups in cluster analysis. Regression analysis of data from proteins and water-soluble salt with morphological traits showed that regression coefficient for the average mortality of plants in the fourth and eighth week with marker 12 was significant (p=0.01). Markers 4 and 12 because of having ties with more than one trait were identified as the most effective markers. It seems that in breeding programs for resistance to the disease, protein markers can be utilized in addition to morphological traits.   http://gebsj.ir/article-1-236-en.pdf 2018-05-13 321 332 Fusarium oxysporum f.sp. lentis fusarium wilt of lentil protein markers resistance genetic samira Hasanian samira.hasanian@gmail.com 1 Department of Agronomy and Plant Breeding Dept., Faculty of Agricultural Sciences, University of Mohaghegh Ardabili AUTHOR Omid Sofalian sofalian@gmail.com 2 Department of Agronomy and Plant Breeding, Faculty of Agricultural Sciences, University of Mohaghegh Ardabili AUTHOR Mahdi Davari m.dsamira.hasanian@gmail.comavari@uma.ac.ir 3 Plant Pathology Dept., Faculty of Agricultural Sciences, University of Mohaghegh Ardabili AUTHOR Ali Asghari ali_asgharii@yahoo.com 4 Department of Agronomy and Plant Breeding Dept., Faculty of Agricultural Sciences, University of Mohaghegh Ardabili AUTHOR Manije Jamshidi ma.jamshidi@yahoo.com 5 Plant Pathology Dept., Faculty of Agricultural Sciences, Islamic Azad University AUTHOR
OTHERS_CITABLE مهار فعالیت آنزیم آمیلاز کرم غوزه پنبه، با عصاره پروتئینی بذرهای دو گیاه کهورک و نخود کرم غوزه پنبه، Helicoverpa armigera (Hübner) (Lepidoptera: Noctuidae)، یکی از آفات همه چیز خوار مهم است که در سراسر دنیا شیوع دارد. امروزه به دلیل اثرات نامطلوب سموم شیمیایی، مطالعه مهارکننده ­های آنزیم آلفا-آمیلاز (E.C. 3.2.1.1) در حشرات، به عنوان روش جایگزین برای برنامه ­های مدیریت آفات مورد توجه قرار گرفته است. در پژوهش پیش رو، لوله گوارش لاروهای سن چهارم کرم غوزه پنبه جداسازی و عصاره آنزیمی آن استخراج شد تا اثر 4 غلظت مختلف (42/0، 87/0، 2/1 و 48/1 میکروگرم) از عصاره پروتئینی بذر کهورک (Prosopis farcta) و نخود (Cicer arietinum) پس از استخراج توسط کلرید سدیم 0/1 مولار، روی فعالیت آلفا آمیلاز حشره بررسی شود. نتایج نشان داد که پروتئین مهارکننده استخراج شده از کهورک در مقایسه با نخود مهارکنندگی بالایی دارد. سنجش فعالیت آنزیم آمیلاز در حضور غلظت های مختلف از عصاره کهورک و نخود نشان داد بین افزایش غلظت پروتئین و درصد مهار آنزیم رابطه مستقیم وجود دارد. بالاترین مهارکنندگی آنزیم، تحت تأثیر هر دو مهار کننده، در pH برابر با 9، مشاهده شد. آنالیز زایموگرام در تأیید سنجش کمی آنزیم، مهار آلفا-آمیلاز را در کاهش ضخامت باند نشان داد. بدین ترتیب، بذر نخود و کهورک می­ توانند به عنوان منابع مؤثر و مهمی از مهار کننده آنزیم آلفا-آمیلاز معرفی شوند و به عنوان جایگزین برای سموم شیمیایی در آینده ن مورد توجه قرار گیرند.   http://gebsj.ir/article-1-195-fa.pdf 2017-12-27 333 341 کرم غوزه آنزیم آلفا آمیلاز کهورک نخود Inhibition of the boll worm, Helicoverpa armigera amyloeletic activity by seed protein extracts of Prosopis farcta and Cicer arietinum Cotton boll worm, Helicoverpa armigera (Hübner) (Lepidoptera: Noctuidae) is an important polyphagous pest throughout the world. Due to the adverse effects of chemical pesticides, alpha-amylase enzyme inhibitors in insects have been noticed as an alternative method for the pest management programs. In this project, whole gut of the fourth instar larva was dissected and the enzyme extract was pulled out. After removing seed protein extracts of Prosopis farcta and Cicer arietinum by sodium chloride 0.1 M, the effect of four different concentrations of both seed extracts (1.48, 1.2, 0.87 and 0.42 μg) were studied on alpha-amylase activity of boll worm. According to the data, the protein extract of P. farcta had greater ability to inhibit cotton boll worm amylase. Enzyme assays in the presence of different concentrations of C. arietinum and P. farcta extracts showed enzyme inhibition in a dose-dependent manner. The maximum enzyme inhibition was in pH 9. Zymogram analysis confirmed quantitative enzyme assay and showed a sharp reduction in the band thickness during the amylase inhibition. Consequently, the seeds of both P. farcta and C. arietinum, had the potential to be considered as effective and important sources of alpha-amylase inhibitors and noticed as substitutes for chemical pesticides in the near future.           http://gebsj.ir/article-1-195-en.pdf 2017-12-27 333 341 Boll worm alpha-amylase Prosopis farcta Cicer arietinum Solmaz Azimi s_azimi2007@yahoo.com 1 Department of Plant Protection, Azarbaijan Shahid Madani University, Tabriz, AUTHOR Shima Rahmani shrahmani@srbiau.ac.ir 2 Department of Entomology, Science and Research Branch, Islamic Azad University, Tehran, Iran. AUTHOR Sima Majidianii @tabrizu.ac.ir 3 Department of Plant Protection, University of Tabriz, Tabriz, Iran. AUTHOR
OTHERS_CITABLE ایمنی ذاتی در گیاهان ایمنی ذاتی اولین خط دفاعی شناخته شده در حشرات و مهره­ داران در برابر حمله میکروارگانیسم­ ها محسوب می ­شود. تحقیقات وسیعی در سال های اخیر نشان می ­دهند که بین سامانه ­های مولکولی شناسایی خودی و غیر خودی در گیاهان و جانوارن شباهت­های قابل توجهی وجود دارد. همانند جانوران، گیاهان نیز قادر هستند الگوهای مولکولی مرتبط با میکروب ها (Microbe associated molecular pattererns-MAMPs) را که مختص میکروب­ ها بوده و در گیاه میزبان یافت نمی ­شوند را شناسایی کنند. چنین ساختارهایی، که الیسیتورهای عمومی دفاع گیاهی نیز نامیده می ­شوند، برای فعالیت­ های حیاتی میکروارگانیسم­ ها حیاتی بوده و بعد از شناسایی توسط گیرنده ­های ویژه، میزبان را از حمله آن میکروب­ ها آگاه می ­سازند. به ایمنی که  بعد از شناسایی MAMPها در گیاه رخ می ­دهد به اصطلاح ایمنی ناشی از شناسایی MAMPs (MAMP Triggered Immunity-MTI) می ­گویند. از سویی دیگر، وجود چنین سامانه نظارتی در گیاهان باعث شده است که میکروارگانیسم ­ها نیز در طول تاریخ تکاملی خود با گیاهان افکتورهایی (Effectors) را توسعه دهند که به کمک آنها با ایجاد اختلال در MTI از این سد دفاعی عبور کنند. در ادامه این رقابت گیاهان نیز ساز و کارهای دیگری را توسعه داده­ اند که توسط آنها این افکتورها  را شناسایی کرده و نوع دیگری از ایمنی به نام ایمنی ناشی از افکتورها (Effector triggered immunity-ETI) را ایجاد می­ کنند. در این مقاله سعی بر این است که آخرین یافته­ ها در خصوص ساز و کارهای مختلف ایمنی در گیاه مورد بررسی قرار گیرد.   http://gebsj.ir/article-1-205-fa.pdf 2017-10-18 343 361 ایمنی ذاتی مقاومت عملگر MAMP ETI PTI Innate immunity in plants Innate immunity considered as the first defense line in insects and vertebrates against microbial invasion. Vast researches in recent years have shown that there are considerable similarities between the molecular organization of animal and plant systems for non-self-recognition and anti-microbial defense. Like animals, plants are able to recognize microbe associated molecular patterns (MAMPs) which are specific to microbes and are not found in plants. Such structures, also called general elicitors of plant defense, are often inevitable for microbial vita and their perception via specific receptors, aware the plant from microbial invasion. The immunity triggered in plant after perception of MAMPs is called MAMP Triggered Immunity (MTI). On the other hand, existence of such surveillance system in plants has resulted in coevolution of microorganisms with plants to develop effectors to disrupt and pass the MTI defense line. In the continuance of this competition, plants have developed other mechanisms to recognize these effectors and created another immunity called effector triggered immunity (ETI). The goal in this paper is to review the last findings about different mechanisms of immunity in plant.   http://gebsj.ir/article-1-205-en.pdf 2017-10-18 343 361 innate immunity resistance effector MAMP ETI PTI Vahid Fallahzadeh fallahzadeh@azaruniv.edu 1 Department of Plant Protection, Azarbaijan Shahid Madani University, Tabriz AUTHOR
OTHERS_CITABLE پژوهش های P53 و درمان سرطان از زمان کشف P53 در سال 1979 به عنوان یک آنتی ژن توموری تا به امروز که جایگاه آن در قالب یک ژن سرکوبگر توموری مهم تثبیت شده است بیش از شصت و چهار هزار مقاله و گزارش پژوهشی با نام این پروتئین، در PubMed منتشر شده است. هرچند نتایج این پژوهش ها به روشن شدن ساختار، عملکرد و تنظیم P53 کمک کرده‌اند با این حال باعث به وجود آمدن ابهام‌ ها و پرسش‌ های بیشتری پیرامون این پروتئین شده‌اند. شناسایی ایزوفرم های مختلف P53، کشف یک آنتی سنس طبیعی P53 (WraP53) و نقش‌ های مهم این ژن در فرآیند هایی چون طول عمر، پیری و سوخت و ساز موجب شده‌اند که P53 همچنان مولکولی جذاب برای تحقیق و بررسی باقی بماند. انتقال نسخه‌ سالم P53 به سلول های سرطانی دارای نقص در P53 و معرفی مولکول های کوچکی که پروتئین P53 جهش یافته را فعال می‌کنند و یا فعالیت تنظیم کننده مهم آن یعنی پروتئین MDM2 را مهار می‌کنند از جمله روش های درمانی سرطان هستند که بر مبنای P53 توسعه یافته‌اند. در مقاله‌ی حاضر تلاش شده است به مرور کلی تاریخچه و عملکرد های P53 پرداخته شود و روش های درمانی توسعه ‌یافته بر مبنای خاصیت آنتی توموری آن مورد بحث قرار ‌گیرد.   http://gebsj.ir/article-1-212-fa.pdf 2018-04-18 363 377 P53 آسیب DNA پروتئین‌ های سرکوبگر تومور نئوپلاسم‌ P53 researches and cancer therapy Since the discovery of P53 in 1979 as a tumor antigen until today that has been established as an important tumor suppressor gene, over sixty four thousand paper and research reports were published in PubMed including this protein name. Although the results of these investigations have been helped to clarify the structure, function and regulation of P53, they also led to more ambiguities and questions about this protein. Identification of different isoforms of P53, the discovery of a P53 natural antisense (Wrap53) and recent findings about its different roles in processes such as longevity, aging and metabolism have made P53 remain attractive for study. Delivering the wild type P53 gene to p53 mutant cancer cells, introduction of small molecules that reactivate mutant p53 or suppress its important regulator, MDM2, are among the cancer therapies developed based on p53. The present article attempts to review the history and functions of p53 and discuss about the treatment strategies have been developed based on its antitumor properties.   http://gebsj.ir/article-1-212-en.pdf 2018-04-18 363 377 p53 DNA Damage Tumor Suppressor Proteins Neoplasms Nasser Pouladi srna52@gmail.com 1 Department of Biology, Faculty of Science, Azarbaijan Shahid Madani University, Tabriz, Iran AUTHOR Roghayeh Dehghan rog.dehghan@gmail.com 2 Department of Genetics and Molecular Biology, School of Medicine, Isfahan University of Medical Sciences AUTHOR MohammadAli Hosseinpour Feizi pourfeizi@eastp.ir 3 Department of Animal Biology, Faculty of Natural Science, Tabriz University AUTHOR Sepehr Abdolahi s.abdollahi@azaruniv.ac.ir 4 Department of Biology, Faculty of Science, Azarbaijan Shahid Madani University AUTHOR Masoumeh Valipour 5 .Department of Biology, Faculty of Science, Azarbaijan Shahid Madani University, Tabriz, Iran AUTHOR