ویروس موزائیک زرد کدو (ZYMV) از ویروس­های مهم کدوئیان است. پروتیین پوششی (Coat Protein, CP) پوتی­ویروس­ها به لحاظ تبارزایی حائز اهمیت است و از سوی دیگر منطقه ورامین نیز از مناطق مهم تولید کدوئیان بشمار می­آید، اما تاکنون ناحیه ZYMV-CP در جدایه­های این منطقه تعیین­ توالی نشده است. بنابراین، هدف این پژوهش، تعیین­ توالی ZYMV-CP در جدایه­ های ورامین و بررسی روابط فیلوژنتیکی آن با دیگر جدایه­های ZYMV است. از این­رو، نمونه­ برداری از مزارع طالبی ورامین، پاکدشت و پیشوا طی بهار و تابستان 94-1393 انجام و 34 درصد نمونه­ ها آلوده به ZYMV در تست الایزا مثبت نشان دادند. نتایج نشان داد که ناحیه ZYMV-CP در جدایۀ ورامین (ZYMV-Varamin) 840 نوکلئوتید بود. در درخت تبارزایی مبتنی بر ZYMV-CP، تمامی جدایه­ های ZYMV در سه گروه A، B و C قرار گرفتند که گروه A خود به هشت زیرگروه  A1-A8 تقسیم شد. جدایه­ های ایرانی در زیرگروه­های A1، A6 (شامل جدایه ورامین) و A8 قرار گرفتند. زیرگروه­ های A7 و A8 برای اولین بار در این پژوهش معرفی شدند. هرچند انتهای­ آمینی ZYMV-CP بیشترین تنوع را نسبت به سایر بخش­های CP دارد، موتیف N₁₆N₁₇A₂₇M₃₇ از ویژگی­های منحصربفرد جدایه­ های اروپای­ مرکزی است که توسط بذر نیز منتقل می­شوند، در جدایه­ ورامین هم ردیابی شد که نشان­ دهنده ورود این جدایه­ ها به ورامین توسط بذور آلوده کدوئیان است.