ویروس چروکیدگی قهوه‌ای میوه گوجه‌فرنگی (Tomato brown rugose fruit virus) با نام علمی Tobamovirus fructirugosum یکی از پاتوژن‌های نوظهور و به‌شدت خسارت‌زا در تولید گوجه‌فرنگی در جهان به‌شمار می‌رود. هدف این مطالعه، بررسی الگوی بیانی سه ژن کلیدی در پاسخ‌های دفاعی گیاه، شامل HSP90، PR1 و AGO2a، در دو رقم گوجه‌فرنگی با سطوح متفاوتی از تحمل به ویروس چروکیدگی قهوه‌ای میوه گوجه‌فرنگی بود. برای این منظور، گیاهان در مرحله چهاربرگی با استفاده از مایه‌زنی مکانیکی و با بهره‌گیری از یک جدایه تاییدشده ویروس آلوده شدند. نمونه‌برداری از برگ‌های فوقانی در سه بازه زمانی ۷، ۱۴ و ۲۱ روز پس از مایه‌زنی انجام گرفت و پس از استخراج RNA کل، حضور ویروس با آغازگرهای اختصاصی تایید شد. میزان بیان ژن‌های HSP90، PR1 و AGO2a با روش Real-Time PCR کمی‌سازی شد. نتایج نشان داد که در رقم متحمل، بیان هر سه ژن در پاسخ به آلودگی ویروسی به‌طور معنی‌داری افزایش یافت، بیان HSP90  وPR1 در تمامی زمان‌های نمونه‌برداری افزایش پایدار و مداومی را نشان داد. در مقابل، بیان AGO2a  در رقم متحمل در روز چهاردهم پس از آلودگی به طور قابل توجهی افزایش یافت و بالاتر از رقم حساس بود (P<0.0001). این الگو بیانگر فعال‌سازی پایدار و موثر مسیرهای دفاعی در رقم متحمل است. در مقابل، رقم حساس تغییرات اندک یا کاهشی در بیان ژن‌ها، به‌ویژه PR1، نشان داد که حاکی از عدم القای موثر پاسخ‌های دفاعی در این رقم است. افزایش هم‌زمان و هماهنگ بیان HSP90، PR1 و AGO2a در رقم متحمل، نشان‌دهنده نقش مکمل آن‌ها در ایجاد تحمل در برابر بیماری است. به‌نظر می‌رسد HSP90 با تثبیت پروتئین‌های مرتبط با دفاع، بستر مناسبی برای القای مسیرهای دفاعی فراهم کرده و PR1 به‌عنوان نشانگر فعال‌سازی مسیرهای وابسته به اسید سالیسیلیک، تاییدکننده کارآمدی این پاسخ‌ها است وAGO2a  از طریق واکنش خاموشی ژن به طور مستقیم با تکثیر ویروس مقابله می‌کند. در مجموع، این نتایج بر اهمیت فعال‌سازی سریع، قوی و پایدار ژن‌های دفاعی در ایجاد تحمل گیاه در برابر ویروس Tobamovirus fructirugosum  تاکید دارند و می‌توانند زمینه‌ساز توسعه راهکارهای اصلاح ژنتیکی، شناسایی نشانگرهای زیستی مولکولی و گزینش ارقام مقاوم در برنامه‌های به‌نژادی گوجه‌فرنگی باشند.