لزوم حفظ ذخایر ژنتیکی طیور بومی و نیز استفاده از این موجودات به عنوان مواد ژنتیکی پایه در برنامه­های اصلاح نژادی طیور کشور، کسب اطلاعات و شناخت دقیق­تر از این حیوانات را ضروری می­سازد. هدف از این پژوهش، بررسی ژنتیکی و فیلوژنتیکی مرغ خزک سیستان با استفاده از توالی نوکلئوتیدی ناحیه سیتوکروم b میتوکندری بود. بدین منظور از 20 قطعه مرغ خزک سیستان نمونه خون جمع­آوری گردیده و پس از استخراج DNA، تکثیر قطعه 864 جفت بازی ناحیه سیتوکروم b میتوکندری توسط آغازگرهای اختصاصی صورت گرفت. قطعات تکثیر شده پس از خالص سازی توالی­یابی شدند. تعداد 5 هاپلوتیپ مختلف براساس 3 نوکئوتید چندشکل موجود در توالی­ها تعیین گردید. توالی­های نهایی بدست آمده از هر هاپلوتیپ با طول تقریبی 789 جفت باز شامل 37/26 درصد آدنین، 31/13 درصد گوانین، 50/36 درصد سیتوزین و 82/23 درصد تیمین بود. نتایج نشان داد که مرغ بومی خزک با مرغ­های ژاپن و چین تفاوت ژنتیکی کمتری دارد.