|
همسانه‌سازی، مطالعه بیوانفورماتیکی و بررسی بیان ژن سکوالن سینتاز1 در شیرین‌بیان بومی ایران
|
زهرا شیرازی   ، علی اعلمی* ، مسعود توحیدفر ، محمد مهدی سوهانی |
| گروه بیوتکنولوژی، دانشکده علوم کشاورزی، دانشگاه گیلان، ایران ، ali_aalami@yahoo.com |
|
|
چکیده: (7942 مشاهده) |
شیرین‌بیان (Glycyrrhiza glabra)، یکی از مهمترین گیاهان دارویی است که دارای ترکیبات فعال زیستی مانند ساپونین تری‌ترپنوئیدها (گلیسیریزین) و فیتواسترول‌ها است. سکوالن سینتاز (Squalene Synthase)، آنزیم (EC 2.5.1.21) متصل به غشا است که دو مولکول فارنسیل دی‌فسفات را به سکوالن تبدیل می‌کند. سکوالن پیش ماده اصلی بیوسنتز تری‌ترپن‌ها و استرول‌ها است. در این مطالعه توالی بیان کننده سکوالن سینتاز 1 شیرین‌بیان بومی ایران در وکتور pTZ57R/T همسانه‌سازی و ویژگی‌های بیوانفورماتیکی پلی‌پپتید با استفاده از نرم‌افزارها پیش‌بینی شد. cDNA سکوالن سینتاز 1، 1242 جفت باز دارد و یک پلی‌پپتید 413 آمینواسیدی را بیان می‌کند. بررسی‌های بیوانفورماتیکی نشان داد که پلی‌پپتید سکوالن سینتاز 1 شیرین‌بیان، بیشترین شباهت را با سکوالن سینتاز 1 جنس Glycyrrhiza دارد. بررسی جایگاه درون سلولی نشان داد که فعالیت پروتئین در ارتباط با شبکه آندوپلاسمی است. وزن مولکولی پروتئین 3/47 کیلودالتون و نقطه ایزوالکتریک آن 18/8 است. در توالی آمینواسیدی دو ناحیه فراغشایی و دو بخش حفاظت شده مشخص شد. ساختار سه بعدی پروتئین با استفاده از نرم‌افزار I-TASSER پیشگویی شد. در ساختار پروتئین پیشگویی شده، مارپیچ فراغشایی، آمینواسیدهای آبگریز، توالی حفاظت شده و آمینواسیدهای سطح پروتئین با نرم‌افزار Chimera مشخص شد. الگوی بیان ژن سکوالن سینتاز 1 نشان داد که بیشترین و کمترین بیان به‌ترتیب مربوط به ریشه و اندام سبز گیاه است.
|
|
| واژه‌های کلیدی: ترپنوئید، RT-PCR کمی، فیتواسترول، گلیسیریزین، همسانه سازی cDNA |
|
|
متن کامل [PDF 514 kb]
(2256 دریافت)
|
نوع مطالعه: پژوهشي |
موضوع مقاله:
مهندسی ژنتیک گیاهی
دریافت: 1395/10/14 | پذیرش: 1396/4/19 | انتشار: 1396/5/19
|
|
|
|
|
|
|
| ارسال نظر درباره این مقاله |
|
|
|
