این پژوهش با هدف تعیین تفاوت ژن PEPCK-C در جمعیت مرغان بومی استان خراسان‌رضوی انجام گرفت. این ژن کد کننده آنزیمی با همین نام درون سلول‌های اغلب موجودات است. این آنزیم نقش کلیدی در چرخه نوسازی گلوکز (گلوکونئوژنز) دارد. دو نوع متفاوت از این ژن به شکل‌های نوع سیتوزولی (PEPCK-C) و نوع میتوکندریایی (PEPCK-M) وجود دارد. در این پژوهش نمونه‌های خون به‌طور تصادفی از 100 قطعه نژاد مرغ بومی منطقه خراسان رضوی جمع‌آوری شد. دی.ان.ای به‌روش نمکی بهینه یافته استخراج و سپس با استفاده از یک جفت آغازگر اختصاصی، قطعه‌ای با طول 1000 جفت‌باز تولید شد. این قطعه از پیشبر تا اگزون شماره سه ژن PEPCK-C را پوشش می‌دهد. به منظور تعیین ژنوتیپ‌های مختلف، روش PCR-RFLP با استفاده از آنزیم‌برشی BstE Π به‌کار گرفته شد. برای بررسی ارتباط تفاوت این ژن با صفات عملکردی از روش GLM، نرم‌افزار SAS استفاده شد. سه الگوی ژنوتیپی AA، ABو BB به‌ترتیب با فراوانی 46/0، 35/0و 19/0 در این جمعیت مشاهده شد. تفاوت ژن PEPCK-C اثر معنی‌داری بر صفات وزن تولد (01/0P<)، وزن در 12 هفتگی (0001/0P<) و میانگین وزن تخم‌مرغ بین 28 تا 32 هفتگی (002/0P<) داشت. اثر تفاوت این ژن روی دیگر صفات مورد پژوهش معنی‌دار نبود. براساس نتایج این پژوهش، پرندگان با ژنوتیپ BB بالاترین وزن تولد، وزن در 12 هفتگی و میانگین وزن تخم‌مرغ را داشتند. براساس نتایج این پژوهش انتخاب براساس تفاوت ژن PEPCK-C می­تواند در بهبود ژنتیکی صفات وزن بدن و وزن تخم‌مرغ در مرغان بومی خراسان رضوی موثر باشد.