بیماری پوسیدگی اسکلروتینیایی یقه ساقه از بیماری­های قارچی مهم آفتابگردان می­باشد که رشد و عملکرد محصول را کاهش می­دهد. هدف از این پژوهش بررسی مقاومت ژنوتیپ ها و راستی­ آزمایی صحّت تجزیه QTL انجام گرفته برای مقاومت به این بیماری در پژوهش­های پیشین به منظور استفاده در برنامه­ های به نژادی آفتابگردان می­باشد. در این پژوهش بیان ژن­های کد کننده عوامل رونویسی (AP2 Domain، HD-Zip و MYB Family) دخیل در مقاومت به بیماری در لاین­های حساس (RHA265) و مقاوم (LC106-C) آفتابگردان به جدایهSSU53  عامل بیماری اسکلروتینیا (Sclerotinia sclerotiorum) با روش Real Time PCR مورد ارزیابی قرار گرفت. نتایج نشان داد که میزان بیان ژن کدکننده عوامل رونویسی مورد مطالعه در لاین­های حساس و مقاوم آفتابگردان متفاوت است. به طوری که میزان بیان ژن کد کننده عوامل رونویسی AP2 Domain و MYB Family در لاین مقاوم LC106-C در مقایسه با لاین حساس RHA265 به طور معنی­داری افزایش یافت. نتایج نشان­دهنده نقش مثبت عوامل رونویسی AP2 Domain وMYB Family در مکانیسم مقاومت گیاه آفتابگردان در پاسخ به آلودگی قارچ عامل اسکلروتینیا می­باشد. طبق این نتایج، لاین LC106-C می­تواند به عنوان لاین مقاوم به بیماری اسکلروتینیا در آفتابگردان معرفی گردد. همچنین بیشتر بودن میزان بیان ژن در لاین مقاوم و کمتر بودن آن در لاین حساس نیز، خود تأییدی بر ارتباط صحیح بین فنوتیپ و نشانگر و صحت تجزیه QTL انجام گرفته در پژوهش­های پیشین است. نتایج این پژوهش می­تواند در برنامه­ های به ­نژادی آفتابگردان برای تولید ارقام مقاوم به بیماری اسکلروتینیا مفید واقع گردد.